SiHa、KOE6E7SiHa、H8、HFF的ATAC-seq数据
该数据集为宫颈癌细胞系SiHa、KOE6E7SiHa、H8和HFF的ATAC-seq数据，旨在观察不同状态宫颈上皮细胞中开放染色质区域，以寻找相关转录因子
基本信息
资源简介
SiHa、KOE6E7SiHa、H8、HFF的ATAC-seq数据
GSE213853 是一个聚焦宫颈癌的 ATAC-seq 数据集，收录于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文标题为“The ATAC-seq of SiHa, KOE6E7SiHa, H8, HFF”。该数据集对宫颈癌细胞系 SiHa、KOE6E7SiHa、H8 和 HFF 进行 ATAC-seq 测序，目的是观察不同状态宫颈上皮细胞中开放染色质区域的分布，并据此寻找相关转录因子。数据集以高通量测序方式进行基因组结合/占据谱分析，物种为人（9606），平台编号为 GPL24676，共包含 1 个文件，样例文件为 GSE213853_series_matrix.txt.gz。作者为 Sheng、Zhong，发布时间为 Sep 21 202。整体而言，该数据集为研究宫颈上皮细胞不同状态下染色质可及性变化及转录调控机制提供了原始数据基础。
【数据集背景】
宫颈癌是肿瘤研究的重要方向之一，染色质开放状态的变化与基因表达调控密切相关。该数据集围绕宫颈上皮细胞的不同状态展开，选取 SiHa、KOE6E7SiHa、H8 和 HFF 四类细胞材料进行 ATAC-seq 检测。其研究目标明确表述为观察不同状态宫颈上皮细胞中的开放染色质区域，并寻找与之相关的转录因子。通过比较不同细胞状态下染色质可及性的差异，可为理解宫颈癌发生发展中的转录调控事件提供线索。数据集在分类上归属于肿瘤 / 宫颈癌方向，主题标签涉及基因组结合/占据谱分析的高通量测序方法。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE213853_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。从标题与描述可知，数据内容为 SiHa、KOE6E7SiHa、H8 和 HFF 四类细胞的 ATAC-seq 测序结果，用于刻画开放染色质区域。主题标签中包含 GPL24676 平台信息与 9606（人）物种信息，表明数据基于高通量测序平台产生、来源于人类细胞材料。除上述文件与样本层面的信息外，源站未提供更细的字段结构、样本数量或具体区域列表。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“The ATAC-seq of SiHa, KOE6E7SiHa, H8, HFF”。作者为 Sheng、Zhong，发布时间为 Sep 21 202。数据通过高通量测序方式获得，属于基因组结合/占据谱分析类型。样本材料为宫颈癌细胞系 SiHa、KOE6E7SiHa、H8 和 HFF。关于具体的实验流程、测序深度、生物学重复数量等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于宫颈癌相关的基础研究场景，例如比较不同状态宫颈上皮细胞之间开放染色质区域的差异，进而寻找可能参与调控的转录因子；也可作为染色质可及性分析的参考数据，用于肿瘤转录调控研究的方法学验证。由于数据涉及 SiHa、KOE6E7SiHa、H8 和 HFF 四类细胞，适合开展细胞状态间对比分析。具体分析目标应结合源站描述中“观察开放染色质区域、寻找相关转录因子”的定位来确定。其他更细化的应用方向，源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE213853_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。由于该文件为系列矩阵形式，通常可用于获取样本层面的汇总信息；具体的字段含义与解析方式需结合实际文件内容确认。源站未提供更详细的分析步骤或参数建议。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模与样本层面的详细信息有限。源站未提供测序质量指标、重复性评估、批次信息或数据完整性说明，因此在使用前应自行核对文件内容与字段编码。发布时间记录为 Sep 21 202，年份信息不完整，引用时需注意。除标题、描述、分类、平台与物种标签外，源站未提供其他质量控制相关的结论。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Sheng、Zhong，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。使用与再分发前应向源站核实相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213853
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
观察宫颈上皮细胞不同状态下的开放染色质区域，并寻找相关转录因子。随后，我们利用从2种不同细胞的RNA-seq获得的数据进行了基因表达谱分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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