新型GR-ARID1a-P53BP1蛋白复合物与DNA损伤修复及细胞周期调控研究[RNA-SEQ ARID1A敲低]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE207410

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

ARID1a（BAF250）是人SWI/SNF染色质重塑复合物的一个组分，在多种癌症中频繁发生突变，其功能缺失被推测与糖皮质激素抵抗相关。在本研究中，我们在HeLa人宫颈癌细胞系中，比较了siRNA敲低ARID1a与功能性干扰方法的影响。我们报道，ARID1a敲低导致ATAC-seq分析中染色质可及性出现显著的全局性下降，并在GR ChIP-seq分析中影响了一部分全基因组GR结合位点。有趣的是，对基因表达的具体影响仅限于相对较小的一部分糖皮质激素调控基因，尤其是那些参与细胞周期调控和DNA修复的基因。绝大多数糖皮质激素调控基因在很大程度上未受ARID1a敲低或功能性干扰的影响，这与ARID1a在糖皮质激素功能中具有比先前推测更为特异的作用相一致。

利用液相色谱-质谱联用技术，我们鉴定出一个与染色质相关的蛋白复合物，该复合物包含GR、ARID1a、细胞周期调控蛋白P53结合蛋白P53BP1、DNA修复蛋白（包括聚(ADP-核糖)聚合酶1（PARP1）、DNA损伤结合蛋白1（DDB1）、DNA错配修复蛋白MSH6和富含脯氨酸和谷氨酰胺的剪接因子（SFPQ）），以及组蛋白乙酰转移酶KAT7——一种调控类固醇依赖性转录、DNA损伤修复和细胞周期调控的表观遗传调节因子。该蛋白复合物不仅在ARID1a敲低和功能干扰下被消除，而且DNA损伤修复也显著受损。从地塞米松依赖性细胞周期阻滞中的恢复也显著受损。综上所述，我们的数据表明，尽管在缺乏ARID1a的情况下糖皮质激素仍能促进细胞周期阻滞，但该阻滞为DNA损伤修复留出时间的目的受到了阻碍。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。