HPV整合生成细胞超级增强子并作为ecDNA调控全基因组转录

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE195631

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人乳头瘤病毒（HPV）整合是宫颈癌发生发展中的关键步骤，但其在全基因组转录水平上的致癌机制仍知之甚少。本研究对宫颈癌细胞系的多组学数据进行了整合分析。通过HPV整合检测、超级增强子（SE）鉴定、SE相关基因表达分析以及染色体外DNA（ecDNA）研究，我们旨在探究HPV整合对全基因组转录的影响。我们鉴定出5个由HPV整合产生的高排名细胞超级增强子（HPV断点诱导的细胞超级增强子，BP-cSE），其导致染色体基因的染色体内和染色体间调控。通路分析显示，失调的染色体基因与宫颈癌相关通路相关。重要的是，我们证明了BP-cSE存在于HPV-宿主ecDNA中，从而解释了上述转录改变。

我们的研究结果表明，HPV整合会产生细胞超级增强子，并作为ecDNA发挥作用以调控无约束的转录，从而拓展了HPV整合的致瘤机制，并为开发新的诊断和治疗策略提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。