GSE179424：Gigaxonin 作为人类癌症预后标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179424

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

Gigaxonin是GAN基因的产物，作为一种E3泛素连接酶衔接蛋白，参与神经细胞和成纤维细胞中间丝的加工过程。我们此前已证实，gigaxonin与p16结合后可泛素化头颈癌中的NF-κB。癌症基因组数据库检索显示，GAN基因第8外显子单核苷酸多态性（SNP，rs2608555），即c.1293 C>T，p.Y431Y，在正常高加索人群中的频率较高（44.25%，而其他人群<20%）。为确定该SNP是否与肿瘤发生相关，我们分析了宫颈癌及头颈癌受试者的正常与肿瘤DNA，发现肿瘤样本中该SNP的频率较高（肿瘤47% vs 正常25%，p=0.0017）。尽管该SNP与HPV状态无关，但观察到其与肿瘤复发和转移呈负相关。与另外5种携带C等位基因（C/C或C/T等位基因）的宫颈癌细胞系和5种头颈癌细胞系相比，携带该SNP（T/T等位基因）的两种宫颈癌细胞系ME180和HT3表现出更高的gigaxonin表达、体外肿瘤细胞生长减少以及顺铂敏感性增强。

CRISPR-Cas9介导的ME180细胞系T/T等位基因向C/C等位基因的转换导致gigaxonin表达降低、snail和twist（上皮-间质转化——EMT标志物）表达增强，以及体外肿瘤细胞生长增加，包括通过Matrigel的侵袭。利用慢病毒系统在CRISPR-Cas9细胞中重新表达gigaxonin，导致gigaxonin表达增加和snail表达降低，伴随体外细胞生长减少。小鼠尾静脉注射研究显示CRISPR-Cas9细胞的肺转移，而在gigaxonin过表达细胞中该转移受到抑制。我们的结果强烈提示GAN基因第8外显子SNP与gigaxonin表达相关，并抑制人类肿瘤中的EMT表型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。