HPV阳性女性宫颈癌前病变miRNA标志物数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE167858

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在中低收入国家，宫颈癌在女性癌症死亡率中位居首位，据估计2018年全球57万例病例和31.1万例死亡中，80%发生在这类国家（Ferlay等，2018）。高危型HPV（hrHPV）基因型的持续感染可导致高级别宫颈上皮内瘤变（CIN）2级（CIN2）或更高级别病变（CIN2+），若未经治疗，此类病变中很大比例可能进展为癌症。尽管hrHPV检测敏感性高，但其检测CIN2+病变的特异性较低，因为感染hrHPV基因型的女性中很大比例（80%）会自行清除感染。microRNA（miRNA）是一类小型非编码RNA，其差异表达模式被认为与宫颈上皮内病变相关。本研究旨在鉴定CIN2+相较于<CIN1差异表达的miRNA，并评估其作为生物标志物在hrHPV阳性女性中区分低级别与高级别病变的潜在应用价值。

在我们的发现集中，我们采用小RNA测序（miRNA-seq）比较了来自哥伦比亚麦德林hrHPV阳性女性的20例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的miRNA表达模式，这些女性分别患有低级别（n=10）和高级别病变（n=10）。我们选取了倍数变化高且变异系数低的前五个miRNA，在我们的验证集中通过RT-PCR进行验证，该验证集由210例年龄匹配的独立hrHPV阳性FFPE组织组成，并采用计算机模拟方法以理解差异表达miRNA在HPV感染背景下的功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。