DNA甲基化检测用于宫颈病变筛查

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04646954

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：宫颈癌、宫颈上皮内瘤变、DNA甲基化、高危型人乳头瘤病毒、细胞学。在我们已发表的研究中，宿主DNA甲基化检测已被证明对宫颈上皮内瘤变（CIN）2级及以上病变（CIN2+）具有敏感性和特异性。其筛查效果不受高危型人乳头瘤病毒（hrHPV）状态影响。基于我们前期研究中训练集和验证集的结果，我们在医院为基础的社区中开展这项多中心、前瞻性队列研究，研究对象为未选择的、要求进行宫颈癌筛查的参与者。所有符合条件的参与者均接受DNA甲基化检测，同时进行细胞学和/或hrHPV检测。主要终点是基于组织学结果，比较DNA甲基化与细胞学和/或hrHPV状态的诊断准确性。准确性分析包括敏感性、特异性、阴性预测值和阳性预测值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。