irCLIP-RNP揭示RNA上动态蛋白关联模式[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE271168

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结合蛋白（RBP）调控多种过程，包括RNA剪接、稳定性、运输和翻译。功能失调的RNA-RBP相互作用促进人类疾病的发病机制，然而，表征RNA上多蛋白组装体的性质和动态一直具有挑战性。为解决这一问题，将基于非同位素连接的紫外交联免疫沉淀与质谱联用（irCLIP-RNP），以鉴定与任何目标RBP共同结合于RNA的RNA依赖性相关蛋白（RDAP）。irCLIP-RNP描绘了RNA上多聚蛋白组装体的图谱，揭示了先前未知的RBP-RNA关联模式，包括RDAP与主要RBP之间细胞类型选择性的组合关系。irCLIP-RNP还定义了响应表皮生长因子（EGF）的动态RDAP重塑，揭示了EGF诱导的UPF1募集至HNRNPC邻近区域，以实现对细胞增殖mRNA的剪接监视。为鉴定被多个所研究RBP同时共同结合的RNA，还开发了一种序贯免疫沉淀irCLIP（Re-CLIP）方法。

Re-CLIP证实了在irCLIP-RNP中观察到的结合关系，并识别出HNRNPC和UPF1 RBP在RND3和DDX3X mRNA上的共结合。irCLIP-RNP和Re-CLIP提供了一个框架，用于识别和表征活细胞中的动态RNA-蛋白质组装体。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。