靶向面板测序用于癌症基因组分析验证与基准测试
包含825基因NGS面板验证与变异调用基准测试的数据集，提供大面板验证建议，助力精准肿瘤治疗。
基本信息
资源简介
靶向面板测序用于癌症基因组分析验证与基准测试
【一句话概览】
该摘要介绍针对癌症基因组分析的靶向panel测序验证与基准测试：验证一个825基因NGS panel，并对变异调用进行基准测试，同时为大panel验证提供实用建议。其目标是促进NGS panel在临床实践中的应用，改善患者获得更有效精准肿瘤治疗策略的机会。相关数据编号为PRJNA936011，机构为Beijing Hospital（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Validation and Benchmarking of Targeted Panel Sequencing for Cancer Genomic Profiling》。源站首次发布：2023-04-05。
【数据内容】
源站原始描述：We describe the validation of an 825-gene NGS panel and benchmarking of the alteration calls, and provide practical recommendations for large panel validation. We aim to facilitate the application of NGS panels in clinical practice and improve patient access to more effective precision oncology treatment strategies
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：我们描述了825基因NGS panel的验证及变异检出结果的基准评估，并为大panel验证提供了实用建议。我们旨在促进NGS panel在临床实践中的应用，并改善患者获得更有效精准肿瘤治疗策略的可及性。
【主题与分类】
主题标签：PRJNA936011、Beijing Hospital。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP423737
下载信息
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源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP423737
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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