THYME-2016
Clinical TempEval 语料库基于一组 600份癌症临床记录和病理报告 梅奥诊所的病人。这些笔记由 Mayo Clinic 手动去识别以替换 带有通用占位符的名称、位置等, 但时间表达没有改变。笔记 然后由…

基本信息
资源简介
THYME-2016
【一句话概览】
THYME-2016 基于梅奥诊所 600 份癌症临床记录和病理报告,笔记经手动去标识化处理,以通用占位符替换姓名、地点等信息,但时间表达保持不变。随后由 THYME 项目使用 ISOTimeML 的扩展进行手动标注,用于标注临床笔记中的时间、事件和时间关系。该扩展新增了 PREPOSTEXP 等时间表达式类型、DEGREE=LITTLE 等事件属性,并更关注包含类时间关系。该语料库涉及医疗、预训练、自然语言处理、命名实体识别、时间信息抽取和否定检测(来源 opendatalab.org.cn)。
【数据内容】
源站原始描述:Clinical TempEval 语料库基于一组 600份癌症临床记录和病理报告 梅奥诊所的病人。这些笔记由 Mayo Clinic 手动去识别以替换 带有通用占位符的名称、位置等, 但时间表达没有改变。笔记 然后由 THYME 项目手动注释 (thyme.healthnlp.org) 使用 ISOTimeML 的扩展来注释临床笔记中的时间、事件和时间关系 (Styler et al., 2014b)。 此扩展包括新时间等附加功能 表达式类型(例如,用于表达式的 PREPOSTEXP 像术后),新的 EVENT 属性(例如,DEGREE=LITTLE 表示轻微恶心等表达), 并且更加关注类型的时间关系 包含(又名包括)。
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):Clinical TempEval 语料库基于梅奥诊所600份癌症临床记录和病理报告。这些笔记由Mayo Clinic手动去识别,以通用占位符替换姓名、地点等,但时间表达未作更改。随后,这些笔记由THYME项目(thyme.healthnlp.org)使用ISOTimeML的扩展进行手动注释,以标注临床笔记中的时间、事件和时间关系(Styler等,2014b)。此扩展包括新时间表达式类型等附加功能(例如,用于表达术后等表达的PREPOSTEXP),新的EVENT属性(例如,DEGREE=LITTLE表示轻微恶心等表达),并且更加关注包含(又名包括)类型的时间关系。
【主题与分类】
主题标签:医疗、预训练、自然语言处理、命名实体识别、Temporal Information Extraction、Negation Detection。
【适用方向】
文本类数据可用于医学自然语言处理,如命名实体识别、信息抽取与文本分类。
【获取与许可】
源站页面:https://opendatalab.org.cn/OpenDataLab/THYME-2016
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://opendatalab.org.cn/OpenDataLab/THYME-2016
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
基于600份来自梅奥诊所的癌症临床记录和病理报告,经过去识别化处理并采用ISO-TimeML扩展标注时间、事件和时间关系,主要用于临床文本的时序信息抽取任务。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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