TCGA癌症变异与临床数据

TCGA项目中蛋白质序列变异与临床数据的综合数据集,用于癌症基因组学研究和预后分析。

seq-to-phenoseq-to-pheno
Hugging Face
2024-10-07 更新
浏览 1
多模态癌症蛋白质

基本信息

模态
多模态
许可
MIT
创建/更新时间
2024-10-07

资源简介

该数据集整合了来自癌症基因组图谱(TCGA)项目的蛋白质水平遗传变异信息与临床数据,由国际癌症基因组联盟(ICGC)整理。包含突变蛋白序列、野生型蛋白序列、癌症类型、分期、生存时间、年龄、性别、肿瘤分级等临床特征,支持癌症基因组学、预后标志物发现、生存分析等任务。

原始链接

https://huggingface.co/datasets/seq-to-pheno/TCGA-Cancer-Variant-and-Clinical-Data

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数据集获取与加载(Hugging Face datasets)

# 前置依赖: pip install datasets
from datasets import load_dataset

ds = load_dataset("seq-to-pheno/TCGA-Cancer-Variant-and-Clinical-Data")
print(ds)  # 查看 splits 与字段结构
# 国内网络可先设镜像: import os; os.environ["HF_ENDPOINT"]="https://hf-mirror.com"
git lfs install && git clone https://hf-mirror.com/datasets/seq-to-pheno/TCGA-Cancer-Variant-and-Clinical-Data

仓库文件结构

  • .gitattributes
  • README.md
  • protein_sequences_metadata.tsv

完整数据卡:huggingface.co/datasets/seq-to-pheno/TCGA-Cancer-Variant-and-Clinical-Data

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