PMPBench

首个公开的全配对跨癌种医学影像数据集,涵盖11个器官、19种癌症的CT和MRI配对图像,用于对比剂合成算法研究。

剑桥大学; MD安德森癌症中心; 邓迪大学剑桥大学; MD安德森癌症中心; 邓迪大学
arXiv
2026-01-22 更新
浏览 25
医学影像癌症医学影像
PMPBench

基本信息

模态
医学影像
大小
0.010714 GB
创建/更新时间
2026-01-22
版本
main

资源简介

PMPBench

【数据集背景】

本数据集源站标题为《YifanChen02/Contrast-X》。源站首次发布:2025-07-28。

【数据内容】

源站原始描述:# PairedContrast # Contents - Dataset & Structure - Details - MR - Brain - Breast - CT - Uterus Ovary - Adrenal - Bladder Kidney - Lung - Stomach Colon Liver Pancreas - our framework - dataset process pipeline - architecture - environment - baseline - flow-matching - diffusion - flow ode - transformer - mamba # Dataset & Structure ## Details ## MR ### Brain ### Breast ## CT ### Uterus Ovary ### Adrenal ### Bladder Kidney ### Lung ### Stomach Colon Liver Pancreas # our framework ## dataset proces…

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://github.com/YifanChen02/Contrast-X

【使用注意】

· 源站最后修改于 2025-09-26,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/YifanChen02/PMPBench.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/YifanChen02/PMPBench/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

PairedContrast

Contents

Dataset & Structure

Details

MR

Brain

Brain_MR_train_val_test
├── train
│   ├── TCGA-02-0006
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_t1.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_t1Gd.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_t2.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_flair.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_GlistrBoost.nii.gz   (mask)
│   │   ├── TCGA-02-0006_1996.08.23_GlistrBoost_ManuallyCorrected.nii.gz (人工矫正过的mask,不是每一个都有)
│   └── ...
├── val
│   ├── TCGA-08-0350
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15_t1.nii.gz
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15_t1Gd.nii.gz
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15_t2.nii.gz
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15_flair.nii.gz
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15__GlistrBoost.nii.gz
│   │   ├── TCGA-08-0350_1998.12.15_GlistrBoost_ManuallyCorrected.nii.gz
│   └── ...
├── test
│   ├── TCGA-02-0003
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_t1.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_t1Gd.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_t2.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_flair.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_GlistrBoost.nii.gz
│   │   ├── TCGA-02-0003_1997.06.08_GlistrBoost_ManuallyCorrected.nii.gz
│   └── ...
└── survival_evaluation.csv
处理之后(将t1和t1ce左右拼成一个新的图png)——有对应代码(不同病例就不分文件夹了,直接都放一起,用前缀区分病例,后缀区分slice)
├── T1_T1CE
│   ├── train
│   │   ├── TCGA-02-0006_0.png
│   │   ├── TCGA-02-0006_1.png
│   │   ├── ...
│   ├── val
│   │   ├── TCGA-08-0350_0.png
│   │   ├── TCGA-08-0350_1.png 
│   │   ├── ...
│   ├── test
│   │   ├── TCGA-02-0003_0.png
│   │   ├── TCGA-02-0003_1.png
│   │   ├── ...

Breast

包含三个公开乳腺癌数据集,已经按照比例做了合并(.mat格式版本)> 后面会数据处理成nii版本
1.	bpe = background parenchymal enhancement
2.


## 数据加载示例(图像类)

```python
from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

完整仓库:github.com/YifanChen02/PMPBench

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