phs000396:DCEG 插补参考数据集

该数据集作为基因型插补的参考面板,可用于肿瘤及癌症相关遗传学研究中缺失基因型的推断与填充,支撑全基因组关联分析等下游工作

dbgap
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基因组Reference Set
phs000396: DCEG Imputation Reference Dataset

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

phs000396:DCEG 插补参考数据集

phs000396: DCEG Imputation Reference Dataset 是一个面向肿瘤与癌症遗传学研究的参考型数据集,归属于肿瘤 / 癌症(总论)分类,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在源站被描述为 dbGaP study(Reference Set),主题标签为 Reference Set。其核心定位是作为基因型插补的参考面板,用于肿瘤及癌症相关遗传学研究中缺失基因型的推断与填充,并可支撑全基因组关联分析等下游工作。整体而言,该数据集并不以单一疾病队列或特定临床表型为主要内容,而是以参考集合的形式,为遗传变异数据的完整化和后续统计分析提供基础性支持,适合在癌症遗传学、基因组流行病学及相关计算分析流程中作为参考资源使用。

【数据集背景】

该数据集以 phs000396 为编号,英文名称为 DCEG Imputation Reference Dataset,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站将其描述为 dbGaP study(Reference Set),主题标签为 Reference Set。从分类上看,它被归入肿瘤 / 癌症(总论)方向,说明其应用背景与肿瘤、癌症相关遗传学研究密切相关。作为参考集合,它的主要作用不是提供某一特定癌症类型的临床数据,而是为基因型插补提供参考面板,从而服务于更广泛的癌症遗传学分析需求。

【数据内容】

该数据集属于参考集合类型,核心用途是作为基因型插补的参考面板。其内容围绕基因型插补所需的信息展开,用于肿瘤及癌症相关遗传学研究中缺失基因型的推断与填充。通过这一参考面板,研究者可以在下游分析中对缺失的基因型进行合理推断,进而支撑全基因组关联分析等工作。关于具体样本数量、变异位点数量、人群构成、测序平台或数据文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,在源站中登记为 dbGaP study(Reference Set)。其编号为 phs000396,英文名称为 DCEG Imputation Reference Dataset。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、伦理审批信息以及具体的机构来源等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤及癌症相关遗传学研究,尤其是需要对缺失基因型进行推断与填充的分析场景。作为基因型插补的参考面板,它可用于支撑全基因组关联分析等下游工作。对于需要提高基因型数据完整性、增强关联分析统计效能的研究,该参考集合具有基础性作用。关于其在特定癌症类型、特定人群或特定研究设计中的适用性边界,源站未提供。

【使用方法】

该数据集作为基因型插补的参考面板使用,主要面向肿瘤及癌症相关遗传学研究中缺失基因型的推断与填充,并服务于全基因组关联分析等下游工作。关于具体的插补软件、流程参数、输入输出格式、计算资源要求或操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集在源站被标注为 Reference Set,属于 dbGaP study。关于其数据质量指标、覆盖度、准确性评估、版本更新情况、已知偏差或使用限制等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站描述为 dbGaP study(Reference Set)。关于具体的引用格式、许可条款、数据使用协议或访问限制等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000396

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

dbGaP study (Reference Set).

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