HemOnc知识库

HemOnc知识库是关于系统性抗癌药物和方案的标准化数据集,遵循OMOP通用数据模型,包含核心表和附加表,持续更新。

Harvard DataverseHarvard Dataverse
DataCite Commons
2025-03-27 更新
浏览 14
表格NeoplasmsControlled vocabularyComputer and Information ScienceMedicineHealth and Life SciencesOntology
HemOnc knowledgebase

基本信息

模态
表格
大小
0.084705991 GB
创建/更新时间
2025-03-27
版本
v54

资源简介

HemOnc知识库

【一句话概览】

本数据集是 Dataverse 公开的结构化表格数据集,收录 7 个文件、合计 84.71 MB,主题涵盖 Neoplasms、Controlled vocabulary、Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences、Ontology,可用于统计建模、特征工程与队列分析。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《HemOncKB》。源站首次发布:2021-01-12。

【数据内容】

源站原始描述:The HemOncKB describes data and metadata related to systemic anticancer drugs and regimens. The core HemOncKB tables follow the OMOP Common Data Model format and specifications. Additional ancillary tables provide more complex data structures which are not easily represented in OMOP. The first version of the HemOncKB was introduced in May 2019. Since then, additions have been made approximately quarterly; the version date of each core OMOP table is contained within the file name. Ancillary table…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):HemOncKB 描述了与全身性抗癌药物和方案相关的数据和元数据。HemOncKB 的核心表遵循 OMOP Common Data Model 格式和规范。额外的附属表提供了更复杂的数据结构,这些结构不易在 OMOP 中表示。HemOncKB 的第一个版本于 2019 年 5 月推出。此后,大约每季度进行一次增补;每个核心 OMOP 表的版本日期包含在文件名中。附属表在文件名层面未标注版本;所有表中的所有行均具有记录添加日期的管理性元数据。

【数据结构与技术规格】

文件数 7 个,合计 84.71 MB。数据集 DOI:doi:10.7910/DVN/FPO4HB。

【主题与分类】

主题标签:Neoplasms、Controlled vocabulary、Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences、Ontology。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/FPO4HB

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源站:https://dataverse.harvard.edu/citation?persistentId=doi:10.7910/DVN/FPO4HB

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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