抗CD40和/或IL-4刺激6小时的Daudi细胞表达数据

该数据集来自NCBI GEO,收录了用微阵列技术检测Daudi细胞在抗CD40和/或IL-4刺激6小时后转录组响应的表达数据

geo
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时间序列分类Expression profiling by arrayGPL28959606
GSE4846: Expression data from Daudi cells stimulated with anti-CD40 and/or IL-4 for 6 hr

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

抗CD40和/或IL-4刺激6小时的Daudi细胞表达数据

GSE4846 数据集来自 NCBI GEO,标题为“Expression data from Daudi cells stimulated with anti-CD40 and/or IL-4 for 6 hr”,即 Daudi 细胞经抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时后的表达数据。该数据集利用微阵列技术,细致刻画了 Daudi 细胞在 CD40 连接与 IL-4 刺激下的转录组响应,属于肿瘤领域中伯基特淋巴瘤相关研究的数据资源。数据集由 Hiroshi Fukasawa 提交,发布时间为 May 15 200,包含 1 个文件,样例文件为 GSE4846_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL2895 与 9606。整体而言,该数据集为研究 CD40 信号与 IL-4 刺激对伯基特淋巴瘤细胞基因表达的影响提供了可获取的表达谱材料。

【数据集背景】

该数据集关注的是伯基特淋巴瘤来源的 Daudi 细胞在免疫相关刺激下的转录组变化。源站描述指出,研究者使用微阵列来详细呈现 Daudi 细胞对 CD40 连接和 IL-4 刺激的转录组响应。CD40 连接与 IL-4 刺激是免疫细胞激活与信号传导研究中常见的实验条件,该数据集围绕这两种刺激单独或联合作用 6 小时后的表达情况展开,属于表达谱分析范畴,主题标签中的 Expression profiling by array 也表明了其技术路线。本站将其归类为肿瘤 / 伯基特淋巴瘤,说明该数据可用于伯基特淋巴瘤相关的基础研究背景。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE4846_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵文件形式。该文件以 GZIP 压缩包格式提供,内容为微阵列表达数据。主题标签中包含 GPL2895 与 9606,分别对应所使用的芯片平台与物种信息。源站描述仅说明使用微阵列详细呈现转录组响应,未提供样本数量、基因数量、具体分组细节或表达值统计等信息,因此这些内容源站未提供。整体数据内容围绕抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时后的 Daudi 细胞表达谱展开。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI GEO 数据库。源站标题与数据集英文名一致,均为“Expression data from Daudi cells stimulated with anti-CD40 and/or IL-4 for 6 hr”。作者为 Hiroshi,Fukasawa,发布时间为 May 15 200。源站描述说明实验采用微阵列技术检测 Daudi 细胞在 CD40 连接和 IL-4 刺激下的转录组响应。除上述信息外,样本制备、实验批次、测序或杂交细节等源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于伯基特淋巴瘤细胞信号传导与基因表达调控相关的研究场景,例如分析 Daudi 细胞在抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时后转录组层面的响应模式。由于主题标签包含 Expression profiling by array,也可用于微阵列表达谱的方法学参考或与其他表达数据集的比较研究。本站分类为肿瘤 / 伯基特淋巴瘤,提示其可用于肿瘤免疫微环境或 B 细胞淋巴瘤相关的基础探索。具体分析设计需结合源站描述与数据文件内容确定,清单未覆盖的适用方向源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE4846_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因文件结构或编码问题导致解析错误。由于该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,使用时应以该文件为主要数据入口,结合主题标签中的平台信息 GPL2895 与物种信息 9606 进行注释匹配。更详细的读取参数、分析流程与统计方法源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅有 1 个文件,数据规模与样本组成信息有限,源站未提供样本数量、重复设置、质控指标或归一化方法等细节。发布时间为 May 15 200,具体年份信息不完整。使用时应关注微阵列平台 GPL2895 的注释版本与数据文件字段的一致性。由于源站描述较为简短,实验设计、刺激剂量、时间点重复等关键信息源站未提供,可能限制对数据质量的独立评估。此外,数据集仅涉及 Daudi 细胞系,结论外推到其他细胞类型或临床样本时需谨慎。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Hiroshi,Fukasawa,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。引用时应遵循 NCBI GEO 的通用引用规范,并注明数据集编号 GSE4846 与源站标题。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或版权声明,源站未提供,使用前建议查阅 NCBI GEO 的相关政策页面。清单未覆盖的引用格式细节与许可信息源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4846

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用微阵列技术详细描绘了Daudi细胞中对CD40连接和IL-4刺激的转录组响应。关键词:基于基因表达微阵列,对抗CD40和/或IL-4的响应

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