Daudi细胞经抗CD40和/或IL-4刺激6小时及AICAR预处理后的表达数据

该数据集来自NCBI GEO,包含Daudi细胞在抗CD40和/或IL-4刺激6小时、伴或不伴AICAR预处理条件下的基因表达谱芯片数据,用于解析AICAR对CD40连接与IL-4刺激转录组反应的作用

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL28959606
GSE4812: Expression data from Daudi cells stimulated with anti-CD40 and/or IL-4 for 6 hr with or without AICAR-pretreatment

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

Daudi细胞经抗CD40和/或IL-4刺激6小时及AICAR预处理后的表达数据

GSE4812 数据集来自 NCBI GEO,记录了 Daudi 细胞在抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时、伴或不伴 AICAR 预处理条件下的基因表达谱芯片数据,用于解析 AICAR 对 CD40 连接与 IL-4 刺激所引发转录组反应的作用。该数据集属于肿瘤领域的伯基特淋巴瘤研究方向,包含 1 个可供下载的数据文件,适合用于基因表达谱层面的分析与二次利用。

【数据集背景】

该数据集围绕 AICAR 在 Daudi 细胞中对 CD40 连接与 IL-4 刺激转录组反应的作用展开。Daudi 细胞是伯基特淋巴瘤研究中常用的细胞模型,而 CD40 连接与 IL-4 刺激是免疫与肿瘤微环境研究中常见的刺激条件。数据集的设计将抗 CD40 和/或 IL-4 刺激与 AICAR 预处理组合,形成多条件的表达谱比较,从而在转录组层面刻画 AICAR 对上述刺激反应的调节作用。数据集所属分类为肿瘤 / 伯基特淋巴瘤,主题标签包括表达谱芯片分析、GPL2895 平台以及物种标识 9606。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE4812_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件承载的是芯片表达谱数据,对应抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时、伴或不伴 AICAR 预处理条件下 Daudi 细胞的转录组测量结果。数据集以表达谱芯片为技术路线,围绕上述刺激与预处理组合组织样本层面的表达信息。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO,源站标题与数据集英文名一致,均为“Expression data from Daudi cells stimulated with anti-CD40 and/or IL-4 for 6 hr with or without AICAR-pretreatment”。作者为 Hiroshi,Fukasawa,发布时间为 May 11 200。源站描述说明,研究者使用微阵列(microarrays)来详细刻画 AICAR 对 Daudi 细胞中 CD40 连接与 IL-4 刺激转录组反应的作用。

【适用场景】

该数据集适用于基因表达谱层面的分析,可用于考察 AICAR 预处理对抗 CD40 和/或 IL-4 刺激 6 小时后 Daudi 细胞转录组反应的影响。由于涉及伯基特淋巴瘤细胞模型与免疫相关刺激条件,可用于肿瘤免疫微环境、刺激响应转录组以及药物或代谢干预对表达谱影响等方向的探索性分析。数据集也可作为表达谱芯片数据处理流程的练习或验证材料。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE4812_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码问题导致后续分析偏差。在完成字段核对后,可依据样本条件组织分组比较,围绕抗 CD40 和/或 IL-4 刺激以及 AICAR 预处理的不同组合开展表达谱分析。

【质量与限制】

源站未提供关于样本数量、重复设置、数据质控指标以及平台探针注释完整性的具体说明。数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,未提供其他辅助文件的信息。发布时间记为 May 11 200,年份信息不完整。使用时应结合源站页面进一步核实样本设计与数据质量情况。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款的具体信息。使用时建议遵循 NCBI GEO 的通用数据使用规范,并引用该数据集及其作者信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE4812

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用微阵列技术详细分析了AICAR对Daudi细胞中CD40连接和IL-4刺激所引发的转录组反应的影响。关键词:基于基因表达微阵列,对抗CD40和/或IL-4的反应,有无AICAR存在下

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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