乳腺癌患者放疗过程中血浆样本蛋白质时序变化定量数据集
该数据集来自乳腺癌放疗患者的血浆样本,采用Shotgun proteomics进行分析,样本采集覆盖放疗前、放疗中和放疗后共4个时间点

基本信息
资源简介
乳腺癌患者放疗过程中血浆样本蛋白质时序变化定量数据集
该数据集聚焦于乳腺癌患者在接受放疗过程中的血浆蛋白质动态变化,采用Shotgun proteomics(鸟枪法蛋白质组学)技术对血浆样本进行分析。样本采集覆盖放疗前、放疗中及放疗后共4个时间点,旨在从蛋白质层面刻画放疗对机体血浆蛋白组成的时间性影响。数据集归类于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签包括Proteomics、Plasma、Radiotherapy和Breast cancer,来源于omicsdi.org。整体而言,该数据集为研究乳腺癌放疗的全身性分子响应提供了基于质谱的蛋白质组学资源,适合用于探索放疗相关血浆蛋白的时序变化规律。
【数据集背景】
乳腺癌是常见的恶性肿瘤之一,放射治疗是其综合治疗的重要组成部分。放疗不仅作用于局部肿瘤区域,也可能引起全身性的生物学效应,包括血浆蛋白质表达谱的改变。该数据集正是基于这一背景,针对接受放疗的乳腺癌患者,利用Shotgun proteomics技术对血浆样本进行蛋白质组学分析,以捕捉放疗前、放疗中及放疗后多个时间点的蛋白质变化。血浆作为易于获取的体液样本,能够反映机体在治疗过程中的系统性状态,因此该数据集有助于从蛋白质层面理解放疗的全身效应。数据集的主题标签明确指向蛋白质组学、血浆、放疗和乳腺癌,体现了其跨学科的应用价值。
【数据内容】
该数据集的核心内容是来自乳腺癌放疗患者的血浆样本的Shotgun proteomics分析结果。样本采集覆盖4个时间点,分别对应放疗前、放疗中以及放疗后。通过鸟枪法蛋白质组学,对血浆中的蛋白质进行鉴定和相对定量,从而获得不同时间点之间蛋白质丰度的变化信息。数据集的主题标签包括Proteomics、Plasma、Radiotherapy和Breast cancer,表明其数据类型为蛋白质组学数据,样本来源为血浆,研究背景为乳腺癌放疗。源站描述中提到“Quantifying Protein Temporal Changes”,说明该数据集侧重于蛋白质随时间变化的量化分析。关于具体的蛋白质数量、鉴定到的肽段数、定量方法细节以及数据文件格式等,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的样本来源于接受放疗的乳腺癌患者,采集时间点包括放疗前、放疗中和放疗后,共计4个时间点。样本类型为血浆。蛋白质组学分析采用Shotgun proteomics方法。数据集的来源站为omicsdi.org,该平台汇总了多组学数据集的相关信息。关于样本的具体采集流程、患者数量、放疗方案、样本处理步骤以及质谱仪器参数等,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌放疗相关的蛋白质组学研究,可用于探索放疗过程中血浆蛋白质的时序变化。潜在的应用方向包括:寻找与放疗响应相关的候选蛋白质标志物、研究放疗的全身性分子效应、比较不同时间点之间的蛋白质表达差异,以及为后续的验证性实验提供假设生成的基础。此外,该数据集也可用于蛋白质组学数据分析方法的开发与测试,尤其是在时间序列实验设计下的定量分析。由于主题标签涵盖Proteomics、Plasma、Radiotherapy和Breast cancer,其适用场景主要集中于肿瘤学、放射治疗学和蛋白质组学的交叉领域。关于具体的适用分析工具或软件,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站omicsdi.org获取。用户可根据源站提供的访问方式下载或查询数据。在使用时,建议结合Shotgun proteomics的数据特点,进行蛋白质鉴定和定量分析,并关注4个时间点之间的比较。由于数据集涉及乳腺癌放疗患者的血浆样本,分析时应考虑时间序列的设计,例如比较放疗前、放疗中与放疗后的蛋白质丰度变化。关于数据的具体格式、预处理步骤、分析流程以及推荐的软件工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于Shotgun proteomics技术,具有较高的通量,能够同时检测血浆中的多种蛋白质。然而,血浆蛋白质组学本身存在一定的挑战,例如高丰度蛋白质可能掩盖低丰度蛋白质的检测。此外,样本来自乳腺癌放疗患者,其结论可能受患者个体差异、样本量以及放疗方案等因素的影响。关于数据的具体质量指标、缺失值情况、重复性以及验证实验等信息,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合具体研究目的谨慎解读。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议以及使用条款,源站未提供。建议用户访问omicsdi.org查询相关信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD077995
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对接受放疗(RT)治疗的乳腺癌患者的血浆样本进行了鸟枪法蛋白质组学分析。样本采集于放疗前、放疗期间及放疗后的4个时间点。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




