PXD001323：乳腺癌活检蛋白质组揭示癌相关成纤维细胞的创伤愈合特征——TGF-β处理的原代乳腺成纤维细胞

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001323

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数据说明

乳腺癌仍是女性中最常见的癌症类型；癌症相关成纤维细胞实际上在癌变过程中发挥重要作用。本研究探讨了是否可能通过肿瘤组织蛋白质组分析来评估癌症相关成纤维细胞的功能状态。我们对来自乳腺腺癌患者的肿瘤中央、肿瘤邻近和肿瘤远隔活检切片进行了组织蛋白质组学分析，从而鉴定出2074种蛋白质。数据参照由原代人乳腺成纤维细胞生成的参考蛋白质组谱进行解读，该参考谱包含4095种蛋白质。这些细胞在静息状态下以及体外分别经TGFβ或IL-1β处理后进行了分析，TGFβ或IL-1β分别刺激创伤愈合或炎症过程。作为癌细胞的代表，我们研究了乳腺腺癌细胞系ZR-75-1，鉴定出5212种蛋白质。将组织蛋白质组学数据与所有这些参考谱进行比较后发现，肿瘤内以癌细胞来源蛋白为主，而肿瘤远隔组织切片中以成纤维细胞来源蛋白为主。值得注意的是，急性炎症特征性蛋白在组织样本中几乎未被鉴定到。相比之下，我们发现若干在乳腺成纤维细胞中由TGFβ诱导的蛋白，包括fibulin-5、SLC2A1和MUC18，在所有组织样本中均被明确鉴定到，并在肿瘤邻近组织切片中丰度相对更高。这些发现表明，具有创伤愈合活性的癌症相关成纤维细胞主要定位于肿瘤周围。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。