76 株乳腺癌细胞系的 PCT-SWATH 蛋白质组型

该数据集收录了 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质组型数据,采用压力循环技术(PCT)结合 SWATH 质谱采集获得。数据覆盖乳腺癌细胞系层面的蛋白质表达谱,可用于刻画不同细胞系之间的蛋白质组差异,支持乳腺癌分型、细胞系特征比较以及蛋白质组学分析方法相关研究(来源 omicsdi.org)

omicsdi
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基因组分类Breast cancerpressure cycling technologyswath-ms
proteotypes of 76 breast cancer cell lines by PCT-SWATH

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

76 株乳腺癌细胞系的 PCT-SWATH 蛋白质组型

该数据集收录了 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质组型数据,采用压力循环技术(PCT)结合 SWATH 质谱采集获得。数据覆盖乳腺癌细胞系层面的蛋白质表达谱,可用于刻画不同细胞系之间的蛋白质组差异,支持乳腺癌分型、细胞系特征比较以及蛋白质组学分析方法相关研究。数据集英文名称为 proteotypes of 76 breast cancer cell lines by PCT-SWATH,在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向,来源站为 omicsdi.org,主题标签包括 Breast cancer、pressure cycling technology 与 swath-ms。整体而言,该数据集以细胞系为研究对象,围绕蛋白质组型这一核心内容,为乳腺癌相关的基础研究与蛋白质组学方法探索提供了可用的数据资源。

【数据集背景】

乳腺癌是肿瘤研究中的重要方向之一,围绕乳腺癌细胞系开展蛋白质组层面的系统刻画,有助于理解不同细胞系之间的分子差异。该数据集正是在这一背景下产生,其英文名称明确指向 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质组型,并标明所采用的技术路线为 PCT-SWATH。数据集的主题标签为 Breast cancer、pressure cycling technology 与 swath-ms,反映出其研究主题与技术手段的双重属性。来源站为 omicsdi.org。关于该数据集产生的具体研究动机、所属项目背景及更详细的研究目标,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质组型数据。所谓蛋白质组型,指向的是细胞系层面的蛋白质表达谱信息,可用于刻画不同细胞系之间的蛋白质组差异。数据集覆盖的对象为乳腺癌细胞系,数量为 76 株。数据在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向。除上述内容外,关于数据集中具体包含哪些蛋白质、覆盖多少基因产物、样本分组方式、是否包含定量信息及重复设计等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集采用压力循环技术(PCT)结合 SWATH 质谱进行采集。源站描述指出,研究者使用压力循环技术和 SWATH 质谱获得了 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质组型。数据来源站为 omicsdi.org。关于样本培养条件、PCT 具体参数、SWATH 采集参数、质谱平台型号、色谱条件及数据处理流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

依据该数据集的内容与主题,其可用于刻画不同乳腺癌细胞系之间的蛋白质组差异,支持乳腺癌分型、细胞系特征比较以及蛋白质组学分析方法相关研究。这些场景与数据集所覆盖的细胞系层面蛋白质表达谱直接相关,也与其采用 PCT-SWATH 技术路线的特点相契合。关于该数据集在特定研究中的具体应用案例或验证结论,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以蛋白质组型数据的形式提供,使用者可围绕 76 株乳腺癌细胞系的蛋白质表达谱开展比较与分析。关于数据的下载方式、文件格式、数据组织层级、是否提供原始数据与处理后数据、配套注释文件及分析工具等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集覆盖 76 株乳腺癌细胞系,采用 PCT-SWATH 采集,其内容聚焦于细胞系层面的蛋白质组型。关于数据的完整性、定量准确性、批次效应、缺失值情况、技术重复与生物学重复设置,以及细胞系数据在多大程度上可外推至临床肿瘤样本等质量与限制相关问题,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。关于具体的引用文献、作者信息、数据许可协议及使用条款等内容,源站未提供。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD004701

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Here we obtained the proteotypes of 76 breast cancer cell lines using pressure cycling technology (PCT) and SWATH mass spectrometry.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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