青春期与成年处女小鼠乳腺上皮及基质细胞群体转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA880870

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乳腺是一个动态组织，主要在出生后受波动激素水平的影响而发育。该数据集包含不同小鼠乳腺细胞群体（基底细胞、腔面细胞和基质细胞）的bulk RNAseq数据，这些细胞分离自青春期或成年处女小鼠动情周期的不同阶段。这些数据对乳腺和乳腺癌生物学领域的研究人员具有重要意义，因为它们有助于研究基因表达在时空和谱系特异性方面的变化。总体设计：通过酶消化结合荧光激活细胞分选分离原代小鼠乳腺上皮细胞群体。对于青春期时间点，从34-36日龄的FVB/N小鼠中分离乳腺。取来自3个不同窝的4只个体小鼠（P34、P35、P36）的第3和第4乳腺，按每只小鼠合并后处理为单细胞。分选后，将每窝的4个个体样本按细胞群体合并（最终每个细胞群体得到3个重复样本）。最终，基于RNA质量选择2个重复样本用于RNAseq。

在成年时间点，我们每天追踪32只成年FVB/N小鼠（年龄分布14-16周）的动情周期，至少持续10天，以确保样本来自稳定 cycling 的小鼠。分离第3和第4乳腺，每只小鼠合并处理后制成单细胞。根据我们对伴随的阴道细胞学和组织学的解读，将成年样本分为动情前期的早期和晚期、动情期、动情后期和动情间期。如果我们未观察到早期或晚期阶段之间的明显差异，我们使用不同分选细胞群的细胞数量作为第二标准。最终，这导致每个动情周期阶段的每种不同细胞群有2个重复，每个重复包含来自2或3只小鼠的合并细胞。青春期前的RNAseq

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。