PRJNA750125：加尼妥单抗和二甲双胍联合标准新辅助治疗用于2/3期乳腺癌：I-SPY2适应性随机平台试验结果

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA750125

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Ganitumab与二甲双胍是I-SPY 2试验中评估的实验性治疗方案之一，该试验是一项针对高风险早期乳腺癌的新辅助平台试验。基于治疗前IGF-1R轴信号在表达水平上可能预测对Ganitumab与二甲双胍反应的假设，我们在预先定义的分析中评估了参与IGF1R通路信号的11个基因、IGFBP5/IGFBP4比值以及两个IGFR表达特征，以检验它们与pCR（病理完全缓解）的关联。总体设计：来自针对高风险早期乳腺癌的新辅助I-SPY2试验的治疗前新鲜冷冻乳腺癌肿瘤（n=233：106例Ganitumab组，127例对照组）使用GPL16233（n=70）或GPL20078（n=163）表达芯片进行检测；使用ComBat进行批次校正后，这些数据被合并为一个基因水平的数据集。样本特征及其值表示：HER2：HER2基因的状态。1=阳性；0=阴性。HR：激素（雌激素和孕激素）受体状态。1=阳性；0=阴性。

pCR：病理完全缓解（pCR）状态 1 = 完全缓解；0 = 未达到完全缓解 MP：MammaPrint 状态 0 = MammaPrint 高风险 1（MP1）；1 = MammaPrint（超）高风险 2（MP2） Arm：每位患者的试验分组——“Ganitumab 组"或"对照组”。最初，对约 900 名患者的更大群体的原始数据应用了 ComBat 批次校正流程，该数据我们无法公开。从该群体中推导出线性调整因子，以便将其应用于这 233 名患者的较小群体。ISPY2_LinearFit_forCombiningExp 文件包含从原始数据到批次校正数据的线性调整。如需基因水平上完全标准化和批次校正后的数据，请使用补充文件中提供的 ISPY2ResID_AgilentGeneExp_GanitumabPlusCtr_FrshFrzn_meanCol_geneLevel_n233.txt。对于生物标志物，包括参与 IGF1R 通路信号传导的 11 个基因、IGFBP5/IGFBP4 比值以及两个 IGFR e

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。