基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

JQ1处理乳腺癌细胞后基因表达变化数据集

该数据集来自 NCBI，主题为转录组或基因表达，聚焦于肿瘤领域的乳腺癌研究。其核心内容是：对基底样乳腺癌细胞系 MDA-MB-231 进行 JQ1（一种 BET 抑制剂）处理后，利用 RNA 测序刻画 mRNA 表达谱的变化，并以 DMSO 处理的同一细胞作为对照。JQ1 属于 BET bromodomain 抑制剂，已知可有效杀伤多种癌细胞，但其耐药机制尚不清晰，因此该数据集通过比较处理组与对照组的表达差异，为理解 BET 抑制后的转录响应提供了直接的测序证据。数据集整体设计简洁明确，适合用于差异表达分析、通路富集以及 BET 抑制剂作用机制的相关探索。

【数据集背景】

BET bromodomain 抑制剂能够有效杀伤多种类型的癌细胞，然而 BET 抑制耐药性的潜在机制仍不清楚。为了识别在基底样乳腺癌细胞中 JQ1 处理后的基因表达变化，研究者开展了本项 RNA 测序实验。JQ1 是一种广为人知的 BET 抑制剂，该数据集正是围绕其在 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中的转录效应而构建。乳腺癌是肿瘤研究中的重要领域，而基底样乳腺癌作为其中一种亚型，其治疗响应与耐药机制备受关注。通过刻画 JQ1 处理后的 mRNA 表达谱，该数据集为后续探索 BET 抑制的分子后果提供了基础数据。

【数据内容】

该数据集包含对 MDA-MB-231 乳腺癌细胞进行 JQ1 处理后的 RNA 测序数据，并以 DMSO 处理的 MDA-MB-231 细胞作为对照。具体而言，研究使用 RNA 测序来表征来自 DMSO 和 JQ1 处理的 MDA-MB-231 乳腺肿瘤细胞的 mRNA 表达谱。总体设计为：从 JQ1 处理的 MDA-MB-231 细胞中提取总 RNA 进行 RNA 测序，DMSO 处理的 MDA-MB-231 细胞用作对照。数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心内容为转录组层面的基因表达信息。数据中涉及的处理条件包括 JQ1 与 DMSO 两种，细胞模型为 MDA-MB-231，属于基底样乳腺癌细胞。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA587994: Gene expression change after JQ1 treatment in breast cancer cell。其分类归属于肿瘤 / 乳腺癌。源站描述指出，BET bromodomain 抑制剂可有效杀伤多种癌细胞，但其耐药机制尚不明确，因此研究者试图在基底样乳腺癌细胞中识别 JQ1 处理后的基因表达变化。实验采用 RNA 测序技术，对 DMSO 和 JQ1 处理的 MDA-MB-231 细胞进行 mRNA 表达谱表征。总 RNA 从 JQ1 处理的 MDA-MB-231 细胞中提取用于测序，DMSO 处理的细胞作为对照。除上述信息外，源站未提供更详细的采集时间、地点或操作人员信息。

【适用场景】

该数据集适用于转录组与基因表达相关的研究场景，尤其是针对乳腺癌细胞中 BET 抑制剂响应的分析。具体而言，可用于比较 JQ1 处理与 DMSO 对照之间的差异表达基因，进而探索 BET 抑制后 mRNA 表达谱的变化。由于背景中提及 BET 抑制耐药机制尚不清楚，该数据也可用于与耐药相关的假设生成或验证性分析。此外，该数据集可用于基底样乳腺癌细胞 MDA-MB-231 的转录响应研究，以及 BET bromodomain 抑制剂作用机制的基础探索。主题标签 Transcriptome or Gene expression 进一步表明其适用于转录组层面的通用分析。

【使用方法】

该数据集以 RNA 测序数据形式提供，包含 JQ1 处理组与 DMSO 对照组。使用时可基于 mRNA 表达谱进行差异表达分析，以识别 JQ1 处理引起的基因表达变化。由于总体设计明确以 DMSO 处理的 MDA-MB-231 细胞为对照，分析时应将 JQ1 处理组与 DMSO 对照组进行比较。数据来源于 NCBI，可通过该来源站获取。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程与参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 RNA 测序，针对 MDA-MB-231 细胞在 JQ1 与 DMSO 两种条件下的 mRNA 表达谱。其设计包含处理组与对照组，可用于差异表达分析。然而，源站未提供关于测序深度、重复数量、批次信息、质量控制指标或数据过滤标准等细节。此外，该数据集仅涉及一种细胞系 MDA-MB-231，且仅针对 JQ1 一种 BET 抑制剂，因此结论的外推范围可能受限于该细胞模型与处理条件。关于数据的完整性、准确性或潜在偏差，源站未提供额外说明。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为 PRJNA587994: Gene expression change after JQ1 treatment in breast cancer cell，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献以及许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140003

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA587994

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

BET溴结构域抑制剂能有效杀死多种类型的癌细胞。然而，BET抑制耐药的潜在机制仍不清楚。我们试图确定在基底样乳腺癌细胞中，使用著名的BET抑制剂JQ1处理后基因表达的变化。在这个数据集中，我们使用RNA测序来表征DMSO和JQ1处理的MDA-MB-231乳腺肿瘤细胞中的mRNA表达谱。总体设计：从JQ1处理的MDA-MB-231细胞中提取总RNA进行RNA测序。DMSO处理的MDA-MB-231细胞用作对照。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别