PRJNA480241：肾上腺素处理乳腺癌肿瘤细胞后的基因表达变化

该数据集来自 NCBI，属于肿瘤/乳腺癌分类，主题为转录组或基因表达。研究使用免疫缺陷小鼠系统，通过微阵列表征原代 PBS 与肾上腺素处理的 MDA-MB-231 乳腺癌肿瘤细胞的 mRNA 表达谱，共分析 6 个样本，每组三个重复，并进行差异表达分析以识别显著差异表达的 mRNA 及相关通路

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基因组回归Transcriptome or Gene expression

PRJNA480241: Gene expression changes after epinephrine treated in breast cancer tumor cell

基本信息

模态

基因组

任务类型

回归

创建/更新时间

2026-11-03

资源简介

PRJNA480241：肾上腺素处理乳腺癌肿瘤细胞后的基因表达变化

PRJNA480241 数据集聚焦于肾上腺素处理乳腺癌肿瘤细胞后的基因表达变化，来源于 NCBI，归入肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为转录组或基因表达。该数据集借助微阵列技术，对原代 PBS 处理与肾上腺素处理的 MDA-MB-231 乳腺癌肿瘤细胞进行 mRNA 表达谱表征，共分析 6 个样本，每组设置三个重复，并通过差异表达分析识别显著差异表达的 mRNA 及其对应通路。整体来看，该数据集为研究慢性应激相关交感神经系统激活如何影响乳腺癌细胞转录组提供了直接的表达谱资源，适合用于差异表达与通路层面的二次分析。

【数据集背景】

源站描述指出，慢性应激会触发交感神经系统（SNS）激活并驱动恶性肿瘤进展。研究利用免疫缺陷小鼠系统，显示慢性应激通过乳酸脱氢酶 A（LDHA）依赖的代谢重编程促进乳腺癌干细胞样特性。在此背景下，该数据集以微阵列方法表征原代 PBS 与肾上腺素处理的 MDA-MB-231 肿瘤细胞的 mRNA 表达谱，用于观察肾上腺素处理引起的基因表达变化。该数据集所属分类为肿瘤/乳腺癌，主题为转录组或基因表达。

【数据内容】

该数据集包含对原代 PBS 处理和肾上腺素处理的乳腺癌肿瘤细胞所获得的 mRNA 表达谱数据，共分析 6 个总样本，其中 PBS 处理组与肾上腺素处理组各设置三个重复。数据内容围绕差异表达分析展开，目的是识别显著差异表达的 mRNA 以及相应的通路。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据核心是转录组或基因表达层面的测量结果。除上述样本数量、分组重复与差异表达分析目标外，源站未提供更细化的数据内容说明。

【采集与来源】

数据集英文名称为 PRJNA480241: Gene expression changes after epinephrine treated in breast cancer tumor cell，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述说明研究使用免疫缺陷小鼠系统，并以微阵列方法对原代 PBS 与肾上腺素处理的 MDA-MB-231 肿瘤细胞进行 mRNA 表达谱表征。样本采集涉及原代 PBS 处理与肾上腺素处理的乳腺癌肿瘤细胞，每组三个重复，合计 6 个样本。关于具体的微阵列平台、实验批次、处理时长与剂量等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌转录组与基因表达研究，尤其是围绕肾上腺素处理所引发的基因表达变化开展差异表达分析，以及识别显著差异表达 mRNA 对应通路的分析场景。由于主题标签为转录组或基因表达，也可用于与慢性应激、交感神经系统激活相关的乳腺癌细胞表达谱比较研究。需要说明的是，具体适用场景的边界应结合源站描述所限定的 MDA-MB-231 细胞与免疫缺陷小鼠系统来理解；超出该范围的应用场景，源站未提供依据。

【使用方法】

使用时可依据 6 个样本的分组设计，将原代 PBS 处理组与肾上腺素处理组各三个重复进行对比，开展差异表达分析，以识别显著差异表达的 mRNA，并进一步分析这些差异表达 mRNA 所对应的通路。由于源站描述明确提及差异表达分析用于识别显著差异表达的 mRNA 和相应通路，使用方法应围绕这一分析目标组织。关于数据下载方式、预处理步骤、归一化方法与统计阈值等具体操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集共分析 6 个样本，每组三个重复，样本规模较小，这是源站描述所明确的设计特征。研究基于免疫缺陷小鼠系统中的 MDA-MB-231 乳腺癌肿瘤细胞，并采用微阵列方法表征 mRNA 表达谱，因此其结果范围受该实验系统与检测平台限定。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应与验证实验等信息，源站未提供。使用时应避免将结果外推到源站描述未涵盖的细胞类型、处理条件或临床场景。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA480241: Gene expression changes after epinephrine treated in breast cancer tumor cell。关于引用格式、作者列表、发表信息与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116781

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA480241

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性应激触发交感神经系统（SNS）的激活并驱动恶性肿瘤进展。利用免疫缺陷小鼠系统，我们发现慢性应激通过乳酸脱氢酶A（LDHA）依赖性代谢重编程促进乳腺癌干细胞样特性。在本数据集中，我们使用微阵列芯片表征了经PBS和肾上腺素处理的原代MDA-MB-231肿瘤细胞的mRNA表达谱。总体设计：共分析6个样本。以三重复形式收集经PBS和肾上腺素处理的乳腺癌肿瘤细胞。进行差异表达分析以鉴定显著差异表达的mRNA及相应通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别