PRJNA308136：10nM TCDD处理MCF-7细胞的表达谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA308136

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

芳香烃受体（AHR）是一种配体激活的转录因子，受环境毒物调控，这些毒物作为AHR激动剂发挥作用，如2,3,7,8-四氯二苯并-p-二噁英（TCDD）。L型氨基酸转运蛋白1（LAT1）是一种亮氨酸摄取转运蛋白，在癌症中过表达。本报告研究了MCF-7和MDA-MB-231乳腺癌细胞（BCCs）中AHR对LAT1的调控。Ingenuity通路分析（IPA）显示，TCDD调控基因（TRGs）与分子转运之间存在显著关联。将本报告中的TCDD-RNA-Seq数据集与已发表的TCDD-ChIP-seq数据集重叠，发现LAT1是TCDD/AHR的直接靶基因。通过小干扰RNA（siRNA）敲低AHR证实，TCDD刺激的LAT1 mRNA和蛋白增加需要AHR。TCDD刺激的LAT1 mRNA增加也被AHR拮抗剂CH-223191抑制。TCDD上调LAT1与MCF-7细胞响应TCDD时亮氨酸摄取的增加相吻合。

染色质免疫沉淀-定量PCR（ChIP-qPCR）实验显示，在TCDD作用下，LAT1基因中一个AHR结合位点上的AHR、AHR核转位蛋白（ARNT）和p300结合以及组蛋白H3乙酰化均增加。在表现出高水平内源性AHR活性的MDA-MB-231细胞中，用AHR-siRNA敲低AHR后，内源性LAT1 mRNA和蛋白水平降低。AHR对LAT1的调控促进了MDA-MB-231细胞的增殖。总体而言，这些发现为AHR对LAT1的外源性和内源性调控提供了更深入的机制理解。总体设计：通过RNA-Seq比较了用10nM TCDD处理的四份MCF-7细胞重复样本与用DMSO处理的四份MCF-7细胞对照重复样本的表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。