hsa-miR-140-3p及其5'异构体在MCF10A和MDA-MB-231乳腺细胞系中过表达的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA300673

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数据说明

miRNAs是一类小的非编码RNA分子，在基因表达的转录后调控中发挥重要作用。同一miRNA的长度和/或序列变异体被称为isomiRs。虽然大多数isomiRs与其典型对应物在功能上冗余，但所谓的5’isomiRs表现出5’端偏移，因此种子序列也发生偏移，导致靶标谱不同。然而，关于这些异构体的功能相关性知之甚少。对乳腺癌细胞系miRNA-seq数据的分析发现了六对高表达的miRNAs及其相关的5’isomiRs。其中，hsa-miR-140-3p特别引人关注，因为其5’isomiR的表达量高于miRbase中注释的典型miRNA。该miRNA此前已被证明可控制乳腺癌细胞的干性。乳腺癌患者（TCGA数据集）的miRNA-seq数据显示，与正常乳腺组织相比，典型hsa-miR-140-3p及其5’isomiR-140-3p在患者中均高表达。

在本研究中，我们展示了5’isomiR-140-3p的功能特征，以及其在MCF10A和MDA-MB-231细胞系中过表达时相关的细胞表型，并与典型hsa-miR-140-3p进行了比较。与典型hsa-miR-140-3p的作用相反，5’isomiR-140-3p的过表达导致细胞活力下降。后一观察结果得到了细胞周期分析的支持，其中5’isomiR-140-3p而非hsa-miR-140-3p引起细胞周期阻滞于G0/G1期。此外，发现5’isomiR-140-3p过表达导致MCF10A细胞迁移减少。我们鉴定了5’isomiR-140-3p的三个新的直接靶基因：COL4A1、ITGA6和MARCKSL1。最后，我们表明敲低这些基因部分模拟了5’isomiR-140-3p过表达的效果，其中COL4A1和ITGA6敲低导致细胞活力降低和细胞周期阻滞，而MARCKSL1敲低

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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