海鞘天然产物eusynstyelamide B是诱导前列腺癌和乳腺癌细胞DNA损伤和生长停滞的新型拓扑异构酶II毒剂
该数据集来自NCBI,包含三个处理组(未处理、DMSO溶剂对照及eusynstyelamide B处理)各三个独立生物学重复的转录组表达谱数据,用于研究该天然产物在前列腺癌细胞LNCaP中的基因表达变化

基本信息
资源简介
海鞘天然产物eusynstyelamide B是诱导前列腺癌和乳腺癌细胞DNA损伤和生长停滞的新型拓扑异构酶II毒剂
该数据集来自NCBI,包含三个处理组(未处理、DMSO溶剂对照及eusynstyelamide B处理)各三个独立生物学重复的转录组表达谱数据,用于研究该天然产物在前列腺癌细胞LNCaP中的基因表达变化。数据覆盖转录组或基因表达主题,可用于分析DNA损伤通路激活、细胞周期调控相关基因表达变化,以及探索拓扑异构酶II毒剂的作用机制(来源 ncbi.nlm.nih.gov)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):作为抗癌天然产物药物发现项目的一部分,我们最近鉴定出eusynstyelamide B(EB),其对MDA-MB-231乳腺癌细胞显示出细胞毒性。在此,我们研究了EB在前列腺癌细胞系LNCaP中以5 uM处理24小时后的作用机制。转录组分析及随后的通路分析提示EB激活了LNCaP细胞中的DNA损伤通路。与此一致,EB增加了Chk2磷酸化、上调了p21Cip/Waf1并强烈降低了Cdc2表达。重要的是,EB引起DNA双链断裂,但并不直接与DNA相互作用。对拓扑异构酶II介导的解链分析发现EB是一种新型拓扑异构酶II毒剂。总体设计:该数据集来源于三个处理组(未处理、DMSO溶剂对照)各三个独立生物学重复。
【主题与分类】
主题标签:Transcriptome or Gene expression。本站分类:肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA299565
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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA299565
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
作为抗癌天然产物药物发现项目的一部分,我们最近鉴定出eusynstyelamide B(EB),其对MDA-MB-231乳腺癌细胞显示出细胞毒性。在此,我们研究了EB在前列腺癌细胞系LNCaP中以5 μM处理24小时后的作用机制。转录组分析及随后的通路分析表明,EB激活了LNCaP细胞中的DNA损伤通路。与此一致的是,EB处理后Chk2磷酸化增加,p21Cip/Waf1上调,Cdc2表达显著降低。重要的是,EB引起了DNA双链断裂,但并未直接与DNA相互作用。对拓扑异构酶II介导的解链反应的分析发现,EB是一种新型拓扑异构酶II毒剂。总体设计:该数据集来源于三个处理组(未处理、DMSO溶剂处理、eusynstyelamide B(EB)处理)各自的三个独立生物学重复。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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