基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

乳腺癌骨髓播散肿瘤细胞微转移相关基因鉴定

PRJNA290717 是一个聚焦于乳腺癌骨髓微转移的转录组研究项目，其全称为“Identification of genes associated with breast cancer micrometastatic disease in bone marrow disseminated tumor cells (DTCs)”。该项目以 Homo sapiens 为研究对象，在 NCBI BioProject 数据库中登记编号为 290717，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型为转录组或基因表达信息。整体而言，该数据集旨在通过基因表达层面的分析，识别与乳腺癌骨髓播散肿瘤细胞相关的候选基因，为理解乳腺癌微转移的分子机制以及发现潜在生物标志物提供数据基础，适用于乳腺癌转移机制、骨髓微环境相互作用及转录组标志物筛选等研究方向。

【数据集背景】

乳腺癌在进展过程中可能发生远处转移，骨髓是常见的播散部位之一。播散肿瘤细胞（disseminated tumor cells, DTCs）的存在被认为是微转移的重要表现，与疾病复发和预后相关。然而，DTCs 在骨髓中数量稀少，其基因表达特征及调控机制尚需深入探索。PRJNA290717 项目正是围绕这一背景设立，试图通过转录组层面的数据获取，识别与乳腺癌骨髓微转移疾病相关的基因，从而为后续机制研究和标志物发现提供线索。该项目的立项体现了从基因表达角度切入乳腺癌微转移研究的思路，其研究对象明确为人类乳腺癌骨髓播散肿瘤细胞。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其内容属于转录组或基因表达类数据。项目全称中提及“Identification of genes associated with breast cancer micrometastatic disease in bone marrow disseminated tumor cells (DTCs)”，表明数据内容围绕乳腺癌骨髓播散肿瘤细胞中与微转移相关的基因鉴定展开。根据侧写线索，该数据可用于研究乳腺癌骨髓微转移的基因表达特征，筛选与播散肿瘤细胞相关的候选基因，为乳腺癌微转移机制探索和潜在标志物发现提供转录组层面的数据支持。关于具体的样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵或分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 290717) - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 中用于汇集与某一特定研究计划相关的生物学数据的记录类型，这些数据通常来源于单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。PRJNA290717 即属于此类记录，其编号中的“PRJNA”为 NCBI BioProject 的常见前缀。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和项目描述，该数据集适用于乳腺癌骨髓微转移相关的基因表达研究。具体而言，可用于探索播散肿瘤细胞的转录组特征，筛选与微转移疾病相关的候选基因，为乳腺癌微转移机制研究提供数据支持，并可能服务于潜在标志物的发现工作。此外，由于涉及基因表达数据，该数据集也可作为转录组层面分析的参考，用于比较或整合其他乳腺癌转移相关研究。关于是否适用于临床诊断、预后预测或药物靶点验证等具体应用，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，用户可依据项目编号 PRJNA290717 或标题“Homo sapiens (ID 290717) - BioProject - NCBI”在 ncbi.nlm.nih.gov 上检索并获取相关记录。BioProject 记录本身提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取转录组或基因表达数据。关于具体的数据下载格式、分析工具、预处理步骤或代码示例，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。其主题标签明确为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据类型较为集中。然而，关于样本量、测序深度、数据完整性、批次效应、质量控制指标以及潜在的混杂因素等信息，源站未提供。此外，该项目是否包含原始数据、处理后数据或仅提供元数据链接，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户需自行评估数据适用性，并结合其他来源信息进行判断。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 290717) - BioProject - NCBI”。关于具体的引用格式、许可协议、使用限制或授权要求，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及相关数据提供方的通用条款，并建议直接访问源站页面以获取最新的引用和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE71258

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA290717

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在这项研究中，我们评估了唑来膦酸对接受新辅助化疗的乳腺癌女性患者骨髓中播散性肿瘤细胞（DTCs）清除效果的影响。总体设计：本数据集纳入了II期或III期乳腺癌患者的原发乳腺组织进行分析。该研究通过免疫组化（IHC）识别了与骨髓中DTCs存在相关的新基因表达模式，并支持了骨髓中存在的DTCs发生上皮间质转化（EMT）的概念。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别