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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA281582：Plumbagin及其衍生物Acetyl Plumbagin处理MCF-7乳腺癌细胞的表达数据

PRJNA281582 数据集收录于 NCBI，聚焦乳腺癌细胞系的转录组基因表达研究。该数据集以 MCF-7 乳腺癌细胞为研究对象，比较了经 Plumbagin（PL）及其衍生物 Acetyl Plumbagin（AP）处理后的细胞与未处理样本之间的基因表达差异，旨在探索这两种化合物在乳腺癌细胞中发挥作用的分子机制。实验采用 10 uM 的 PL 或 AP 处理细胞 6 小时，共分析 11 个样本，其中包含重复样本设计。数据集归类于肿瘤/乳腺癌方向，主题标签为转录组或基因表达，可为乳腺癌药物作用机制研究提供表达谱层面的参考数据。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI，研究目标明确指向阐明 Plumbagin（PL）及其衍生物 Acetyl Plumbagin（AP）在乳腺癌细胞中的作用分子机制。PL 与 AP 是结构相关的化合物，前者为天然来源的萘醌类成分，后者为其乙酰化衍生物，两者在肿瘤细胞中的活性比较与机制解析是相关研究关注的方向。该研究选择 MCF-7 这一经典的乳腺癌细胞系作为实验模型，通过基因表达层面的比较，观察化合物处理后转录谱的变化，从而为理解其药理作用提供线索。数据集所属分类为肿瘤/乳腺癌，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心数据类型为转录组表达数据。

【数据内容】

数据集展示的是 MCF-7 乳腺癌细胞在 Plumbagin/Acetyl Plumbagin 处理条件下与未处理样本之间的基因表达比较结果。整体设计共分析 11 个样本，处理条件为 10 uM PL 或 AP 作用 6 小时。样本重复结构如下：部分样本以三重复形式完成，其中一个经 10 uM PL 处理的 MCF-7 样本因其中一份重复 RNA 的 RIN 值不理想而以二重复形式完成。具体而言，SAMPLE 1 与 SAMPLE 2 互为重复；SAMPLE 3、4、5 构成三重复；SAMPLE 6、7、8 构成三重复；SAMPLE 9、10、11 构成三重复，各样本编号在数据描述字段中予以标注。数据内容以基因表达比较为核心，未涉及其他类型数据的说明。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。样本材料为 MCF-7 乳腺癌细胞，处理方式为 10 uM PL 或 AP 处理 6 小时，并设置未处理样本作为比较对象。关于具体的测序平台、文库构建方法、RNA 提取流程及数据处理管线等信息，源站未提供。样本重复安排如上所述，其中一份 PL 处理样本因 RNA 质量指标 RIN 不达标而减少一个重复，这一细节反映了样本制备过程中的实际质量控制情况。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌细胞转录组层面的差异表达分析，可用于比较 PL 与 AP 处理后基因表达谱相对未处理样本的变化，进而辅助探索两种化合物的作用机制。其典型用途包括：筛选受 PL 或 AP 调控的基因、比较母体化合物与衍生物在转录组响应上的异同、为后续通路分析与功能验证提供候选基因线索。由于数据来自 MCF-7 细胞系的体外实验，其结论外推至其他细胞系或体内情境时需要谨慎。数据集主题标签为转录组或基因表达，适合基因表达相关的方法学练习与二次分析。

【使用方法】

使用该数据集时，可依据样本编号区分处理组与对照组以及各重复组：SAMPLE 1 与 2 为重复样本，SAMPLE 3 至 5、6 至 8、9 至 11 分别为三重复组，具体分组含义需参照源站描述字段中的样本说明。分析时应注意其中一个 PL 处理样本仅有二重复，在统计检验中需考虑重复数不一致带来的影响。差异表达分析可将 PL 或 AP 处理组分别与未处理样本比较，也可在两种化合物之间进行表达谱对比。关于原始数据下载格式、预处理步骤与归一化方法，源站未提供，需依据 NCBI 平台上的实际记录进行操作。

【质量与限制】

该数据集的一个明确质量相关信息是：一份经 10 uM PL 处理的 MCF-7 样本因其中一个重复 RNA 的 RIN 值不理想，最终仅以二重复形式纳入，说明样本 RNA 质量存在一定波动。除此之外，关于测序深度、数据完整性、批次效应等信息，源站未提供。研究仅涉及 MCF-7 单一细胞系、单一时间点（6 小时）与单一浓度（10 uM），样本量有限（共 11 个样本），这些设计特征构成结果解释时的固有限制。数据为体外细胞实验表达谱，不能直接等同于临床或体内结论。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI，其标识为 PRJNA281582。关于具体的引用文献、作者信息以及数据使用许可条款，源站未提供，使用者在引用与再利用时应查阅 NCBI 平台上该数据集的原始记录以获取准确信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE68026

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA281582

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在探究PL和AP在乳腺癌细胞中的分子作用机制。该数据集展示了经Plumbagin/Acetyl Plymbagin处理的MCF-7细胞与未处理样本相比的基因表达比较。总体设计：共分析了11个样本。MCF-7细胞用10 uM PL或AP处理6小时。请注意，有三个样本做了三重复，而一个用10uM PL处理的MCF-7样本做了二重复，因为其中一个重复RNA的RIN值不佳，SAMPLE1和2为重复样本，SAMPLE 3、4和5为三重复，SAMPLE 6、7和8为三重复，SAMPLE 9、10和11为三重复（SAMPLE编号在描述字段中注明）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别