基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA251736：过表达转录因子Snail的乳腺癌细胞系MCF-7表达数据

PRJNA251736 数据集收录于 NCBI，主题为转录组或基因表达，本站将其归类于肿瘤／乳腺癌方向。该数据集围绕转录因子 Snail 的异位表达展开，比较了过表达 Snail-6SA 变体的乳腺癌细胞系 MCF-7（即 MCF-7-Snail）与转染对照质粒的 MCF-7 细胞（即 MCF-7-control）之间的基因表达谱。数据集包含 MCF-7-Snail 细胞和 MCF-7-control 细胞各 3 个重复培养，可用于观察 Snail 异位表达在乳腺癌上皮细胞系中引起的分子层面表达变化。

【数据集背景】

转录因子 Snail 被认为介导上皮—间质转化（EMT），并使上皮来源的肿瘤细胞获得间质性的侵袭表型。为分析 Snail 异位表达对上皮性乳腺癌细胞系的分子效应，研究者将 MCF-7 细胞转染以过表达 Snail-6SA 变体，并与转染对照质粒的 MCF-7 细胞进行比较。相关细胞系的建立此前已由 Zhou 等人报道（PMID: 15448698）。该数据集即在这一背景下产生，用于从基因表达层面刻画 Snail 过表达所带来的转录组变化。

【数据内容】

数据集的主体是两组细胞的基因表达谱比较：一组为过表达 Snail-6SA 变体的 MCF-7-Snail 细胞，另一组为转染对照质粒的 MCF-7-control 细胞。整体设计包括 MCF-7-Snail 细胞的 3 个重复培养和 MCF-7-control 细胞的 3 个重复培养。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据属于转录组或基因表达范畴。除上述分组与重复信息外，源站未提供具体的基因数量、表达值范围、差异表达基因列表等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA251736: Expression data from breast cancer cell line MCF-7 with ectopic expression of the transcription factor Snail”。源站描述说明了实验所比较的细胞材料及其构建方式，并指出细胞系的建立已有先前报道（PMID: 15448698）。关于具体的测序或芯片平台、样本处理流程、建库方法、测序深度等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其设计，该数据集适用于研究 Snail 异位表达对上皮性乳腺癌细胞系基因表达谱的影响，可用于探索与上皮—间质转化相关的转录组变化，也可作为乳腺癌细胞系中转录因子过表达实验的参考表达数据。由于数据比较的是过表达组与对照组各 3 个重复培养，适合用于组间表达谱差异的初步观察。关于其在具体疾病分型、临床转化或药物响应等方面的适用性，源站未提供。

【使用方法】

使用时可依据分组信息，将 MCF-7-Snail 细胞的 3 个重复培养与 MCF-7-control 细胞的 3 个重复培养进行对照比较，以分析 Snail-6SA 过表达相关的表达谱变化。由于源站未提供平台、预处理流程与统计方法等细节，具体分析步骤需结合原始数据记录确定，源站未提供进一步的使用说明。

【质量与限制】

数据集设置了每组 3 个重复培养，具备基本的组内重复设计。其局限在于：仅涉及单一细胞系 MCF-7 的两种转染状态比较，未涵盖其他细胞系或体内模型；关于数据质量评估、批次信息、归一化处理与验证实验等，源站未提供。因此，对结论的外推应保持谨慎。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，源站描述中提及细胞系建立的相关文献为 Zhou 等人（PMID: 15448698）。关于数据集的正式引用格式、使用许可与再分发条件，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58252

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA251736

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转录因子Snail被认为介导上皮-间质转化（EMT），并赋予上皮性癌细胞间质侵袭表型。为分析异位Snail表达对上皮性乳腺癌细胞系的分子效应，比较了转染过表达Snail-6SA变体的MCF-7细胞（MCF-7-Snail）与转染对照质粒的MCF-7细胞（MCF-7-control）的基因表达谱。细胞系的建立此前已由Zhou等人报道（PMID: 15448698）。总体设计：数据集包括3个MCF-7-Snail细胞重复培养物和3个MCF-7-control细胞重复培养物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别