基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA248472：利用患者来源异种移植小鼠模型鉴定与乳腺癌骨髓微转移疾病相关的基因

PRJNA248472 是一个围绕乳腺癌骨髓微转移相关基因识别而建立的生物项目数据集，英文全称为 Identification of genes associated with breast cancer micrometastatic disease in bone marrow using a Patient Derived Xenograft mouse model。该数据集以小鼠为研究对象，归属于肿瘤 / 乳腺癌这一分类，主题标签为转录组或基因表达。其核心目标在于借助患者来源异种移植小鼠模型，探索与乳腺癌骨髓微转移疾病相关的基因，为在转录组和基因表达层面识别候选基因提供数据基础，并可支持后续的分类研究或机制研究。数据来源于 NCBI 的 BioProject 记录，项目编号为 248472，物种标注为 Mus musculus。

【数据集背景】

乳腺癌在进展过程中可能发生骨髓微转移，而微转移病灶往往难以通过常规手段直接观察和刻画。为在可控的实验体系中研究这一过程，该项目采用患者来源异种移植小鼠模型，将临床来源的肿瘤组织或细胞移植到小鼠体内，以模拟乳腺癌在体内的生长与播散行为。通过这一模型，研究者能够围绕骨髓微转移疾病展开基因层面的探索，寻找与微转移发生、维持或进展相关的候选基因。该数据集即是在这一研究框架下产生的生物项目记录，旨在为相关研究提供统一的数据入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达，说明其数据内容主要涉及基因表达层面的信息。项目聚焦于识别与乳腺癌骨髓微转移疾病相关的基因，因此其数据可用于分析在微转移背景下表达发生变化的基因集合。数据围绕乳腺癌骨髓微转移相关基因的表达展开，可用于转录组或基因表达层面的分析，帮助识别与微转移疾病相关的候选基因，并支持后续分类或机制研究。除上述主题与用途描述外，源站未提供更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Mus musculus (ID 248472) - BioProject - NCBI。其英文名称表明研究使用患者来源异种移植小鼠模型来识别与乳腺癌骨髓微转移疾病相关的基因。BioProject 作为生物数据的集合，通常与某一项单一研究计划相关，来自单一机构或联合体；一条 BioProject 记录为用户提供单一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即属于此类记录，项目编号为 248472，物种为小鼠。关于样本采集的具体流程、时间、地点及操作细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与短描述，该数据集适用于转录组或基因表达层面的分析，尤其适合围绕乳腺癌骨髓微转移相关基因展开的探索性研究。研究者可利用其识别与微转移疾病相关的候选基因，并在此基础上开展后续的分类研究或机制研究。对于关注肿瘤 / 乳腺癌方向、希望从基因表达角度理解骨髓微转移疾病的研究人员，该数据集可作为数据入口或分析起点。除上述适用方向外，源站未提供其他具体应用场景。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供，用户可通过 NCBI 的 BioProject 入口查找与项目编号 248472 相关的多种数据类型。由于 BioProject 记录本身提供指向该项目所产生不同数据类型的链接，使用者可据此定位并获取相应的数据资源，再结合转录组或基因表达分析流程开展研究。关于具体的数据下载方式、分析工具、参数设置或处理步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其描述侧重于项目层面的组织与索引，而非对数据质量指标或分析结论的详细报告。项目聚焦于利用患者来源异种移植小鼠模型识别乳腺癌骨髓微转移相关基因，物种标注为小鼠，因此其结果与人类临床情况之间可能存在模型差异。关于样本量、测序深度、覆盖度、批次效应、验证实验等质量相关信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Mus musculus (ID 248472) - BioProject - NCBI。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57947

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA248472

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们利用通过移植转移前乳腺癌患者原发肿瘤建立的患者来源异种移植(PDX)系统，证明了远处器官转移的发生与PDX小鼠体内骨髓播散肿瘤细胞(BM DTCs)的存在相关。我们对发生转移性疾病的荷瘤PDX小鼠的骨髓(BM)与非荷瘤对照组的骨髓进行了比较基因表达分析。在此数据集中，分析包括了来自七只伴有转移性肿瘤的荷瘤小鼠的骨髓、两只对照小鼠的骨髓、一个原发肿瘤以及其中一只荷瘤小鼠的脾脏转移瘤。这项研究有助于识别与骨髓中存在的DTCs相关的新基因表达模式，并支持了骨髓中存在的DTCs经历上皮间质转化(EMT)的概念。基因阵列数据分析发现，与对照组动物的骨髓相比，PDX小鼠骨髓中显著高表达的多个基因，包括已知的癌基因(ETS1、GNL3)、转移调节因子(MALAT1、ALCAM、CD44)或与EMT相关的基因(SIP 1)。

总体设计：对来自七只WHIM17小鼠的DTC富集骨髓、一个原发性WHIM17肿瘤以及该WHIM17小鼠的一个实体器官转移灶进行了研究，旨在利用基于人类的微阵列评估原发肿瘤异种移植细胞与其DTC对应物之间的分子差异，并识别与DTC本身相关的独特基因。同时，纳入了来自未携带肿瘤的NOD-SCID小鼠（有无人类化乳腺脂肪垫）的对照骨髓样本，以考虑交叉杂交及检测源自小鼠骨髓细胞的转录本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别