PRJNA227137：乳腺癌亚型与正常组织的mRNA测序
该数据集来自NCBI，包含乳腺癌三种亚型（TNBC、Non-TNBC、HER2阳性）及正常组织的mRNA测序数据，样本由Baylor College of Medicine提供并经IRB程序使用
基本信息
资源简介
PRJNA227137：乳腺癌亚型与正常组织的mRNA测序
该数据集来自NCBI，包含乳腺癌三种亚型（TNBC、Non-TNBC、HER2阳性）及正常组织的mRNA测序数据，样本由Baylor College of Medicine提供并经IRB程序使用。研究通过RNA测序技术定义数字转录组，比较三组间的差异表达转录本、可变剪接基因、差异异构体及表达变异，并发现若干新的乳腺癌调节因子。数据可用于乳腺癌亚型分类、差异表达与可变剪接分析等转录组研究（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：目标：使用RNA测序技术定义三种乳腺癌亚型（TNBC、Non-TNBC和HER2阳性）的数字转录组。阐明数据集中差异表达的已知和新型转录本、可变剪接基因和差异异构体以及最后表达的变异。方法：Suzanne Fuqua博士（Baylor College of Medicine）提供了人乳腺癌组织RNA样本。所有人类样本均按照Baylor College of Medicine的IRB程序使用。乳腺癌类型TNBC、Non-TNBC和HER2阳性基于免疫组织化学和RT-qPCR分类进行划分。结果：比较转录组分析阐明了三个乳腺癌组之间的差异表达转录本，鉴定了几种新的乳腺癌调节因子。我们发现了亚型特异性的差异剪接
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA227137
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA227137
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- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：利用RNA测序技术定义三种乳腺癌亚型（TNBC、非TNBC和HER2阳性）的数字转录组。阐明我们数据集中差异表达的已知和新转录本、选择性剪接基因和差异异构体，以及最后表达的变异。方法：Suzanne Fuqua博士（贝勒医学院）提供了人类乳腺癌组织RNA样本。所有人类样本的使用均遵循贝勒医学院的IRB程序。乳腺癌类型TNBC、非TNBC和HER2阳性是根据免疫组织化学和RT-qPCR分类法进行分型的。结果：比较转录组学分析阐明了三个乳腺癌组之间差异表达的转录本，识别了几种新的乳腺癌调节因子。我们发现了人类转录组中以前未认识到的亚型特异性差异剪接基因和剪接异构体。此外，我们表明外显子跳跃和内含子保留是乳腺癌中的主要剪接事件。
此外，我们发现与正常乳腺相比，乳腺癌中初级转录本的差异表达和启动子切换显著失调。我们还报告了新的表达变异、等位基因流行率和丰度、与其他变异的共表达以及剪接特征。此外，我们描述了癌症相关基因中的新SNP和INDEL，这些基因先前未报道与癌症的点突变关联。总体设计：使用Illumina HiSeq对三种不同亚型（TNBC、非TNBC和HER2阳性）的17个乳腺肿瘤样本和正常人乳腺类器官（上皮）样本（NBS）的mRNA谱进行了测序。
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