PRJNA209980：长非编码RNA HOTAIR是雌激素受体阳性原发性乳腺癌转移的独立预后标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA209980

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数据说明

HOX转录反义基因间RNA（HOTAIR）——一种长基因间非编码RNA（lincRNA）——的表达已在多种人类癌症中进行了研究，HOTAIR的过表达与乳腺癌、结肠癌和肝癌患者的生存期较差相关。在这项回顾性研究中，我们检测了164例原发性乳腺肿瘤中HOTAIR的表达，这些患者未接受辅助治疗，研究设计在传统预后标志物方面进行了配对。我们发现，有或无转移终点的患者之间HOTAIR表达存在差异。生存分析显示，原发性肿瘤中HOTAIR高表达与更差的预后显著相关，且独立于预后标志物。当仅观察雌激素受体（ER）阳性肿瘤样本时，这种关联更为显著。在ER阴性肿瘤样本中，无法检测到HOTAIR表达的预后价值。这些结果在一个具有相似关联的独立数据集中得到了成功验证。

此外，我们发现HOTAIR的高表达与位于染色体12q13.13上的HOXC基因座中多个邻近HOXC基因的强阳性表达相关，并且与位于不同染色体上的其他基因存在负相关和正相关。独立数据集验证了这些显著的相关性，从而表明HOTAIR可能调控除先前报道之外的更多基因。总之，我们的研究结果表明，HOTAIR表达可作为预测ER阳性乳腺癌患者转移风险的独立生物标志物。总体设计：164例乳腺癌样本

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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