PRJNA1512471：美洲原住民祖源富集的eQTL调控HER2扩增子基因并与哥伦比亚女性乳腺癌结局相关
BioProject 是围绕单一 initiative、来自单一组织或联盟的生物数据集合，并为用户提供统一入口，以查找该项目生成的多种数据类型链接
基本信息
资源简介
PRJNA1512471：美洲原住民祖源富集的eQTL调控HER2扩增子基因并与哥伦比亚女性乳腺癌结局相关
Native American ancestry-enriched eQTLs regulate H... (ID 1512471) - BioProject - NCBI
该记录为 NCBI BioProject（ID 1512471），标题涉及 Native American ancestry-enriched eQTLs regulate H...。BioProject 是围绕单一 initiative、来自单一组织或联盟的生物数据集合，并为用户提供统一入口，以查找该项目生成的多种数据类型链接。该项目的标签为 Transcriptome or Gene expression（来源 NCBI）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：BioProject 是与单一研究计划相关的一组生物学数据，源自单一机构或一个联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便找到指向该项目所生成的各种数据类型的链接。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：肿瘤/乳腺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1512471
下载信息
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数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1512471
标准获取流程：
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
具有较高美洲原住民（NA）血统的女性更可能发生HER2阳性乳腺肿瘤，并表现出ERBB2表达升高。我们对哥伦比亚浸润性乳腺癌女性的肿瘤及邻近非肿瘤乳腺组织进行了RNA测序。使用GATK4流程从RNA-seq数据中获取胚系基因型。使用RFMix推断局部血统。eQTL分析鉴定出与HER2扩增子基因表达升高相关的反式eQTL rs77910576（7p21.1）和rs12144827（1p13.3），支持血统特异性调控变异在塑造乳腺癌生物学中的作用。
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