基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

三种稳定感染牛白血病病毒(BLV)的人源细胞系全转录组分析揭示新型凋亡相关因子

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项全转录组研究项目（ID 1511823），英文标题为“Whole-Transcriptome Analysis of Three Human Cell Lines Stably Infected with Bovine Leukemia Virus (BLV) Reveals Novel Apoptosis-Associated Factors”。研究以三种稳定感染牛白血病病毒（BLV）的人源细胞系为对象，通过全转录组分析，旨在揭示新型凋亡相关因子。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 BioProject 体系下的生物学数据集合，为用户提供指向该项目所产生多种数据类型相关链接的统一入口。

【数据集背景】

BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物学数据的集合，通常来源于单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供单一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集对应 BioProject ID 1511823，其研究主题为牛白血病病毒（BLV）稳定感染人源细胞系后的全转录组分析，目标是发现新型凋亡相关因子。本站将其分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据核心属于转录组或基因表达范畴。

【数据内容】

该数据集的核心内容为三种稳定感染牛白血病病毒（BLV）的人源细胞系的全转录组分析数据。研究通过全转录组层面的检测，围绕凋亡相关因子展开，旨在揭示此前未被识别的新型凋亡相关因子。数据主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明数据主要涉及转录组或基因表达信息。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、数据文件类型、数据量大小等更细粒度的描述。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示为“Whole-Transcriptome Analysis of Three Human Cell L... (ID 1511823) - BioProject - NCBI”。该记录属于 NCBI BioProject 体系，BioProject 作为生物学数据的集合，来源于单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目多种数据类型的统一入口。项目英文名称中明确研究对象为三种稳定感染牛白血病病毒（BLV）的人源细胞系。除来源站与项目标识外，源站未提供具体的采集机构、采集时间、实验地点或伦理审批等信息。

【适用场景】

基于其主题标签“Transcriptome or Gene expression”以及研究目标，该数据集适用于转录组与基因表达相关的研究场景，尤其是围绕牛白血病病毒（BLV）感染人源细胞系后基因表达变化、凋亡相关因子挖掘等方向。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌，提示其可能被用于肿瘤或乳腺癌相关研究背景下的探索性分析。由于数据涉及三种稳定感染 BLV 的人源细胞系，也可用于比较不同细胞系在感染状态下的转录组特征。除上述方向外，源站未提供关于具体适用场景的进一步说明。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供，用户可通过 BioProject ID 1511823 在 NCBI 上查找该项目所关联的多种数据类型。BioProject 记录的设计目的即为用户提供单一入口，以便定位该项目生成的不同类型数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物学数据集合记录。其标题与主题标签明确指向全转录组分析与基因表达研究，研究对象为三种稳定感染牛白血病病毒（BLV）的人源细胞系。关于数据质量指标、覆盖度、重复数、验证情况、潜在偏差或使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，对应 BioProject ID 1511823。关于具体的引用格式、许可条款或使用授权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE343535

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1511823

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

牛白血病病毒（BLV）是全球牛B细胞淋巴瘤的主要原因，并与人类乳腺癌有关。在此，我们采用RNA测序技术，对稳定感染BLV的人上皮293T细胞、乳腺癌MCF7细胞和宫颈癌HeLa细胞的单克隆与未感染对照组进行了比较性全转录组分析。差异表达分析显示，BLV感染的293T、MCF7和HeLa细胞与对照组之间分别有2，050、1，314和2，772个差异表达基因（DEGs）。大多数DEGs在BLV感染的293T（76.5%）和MCF7（69.1%）细胞中上调，但在HeLa细胞中下调（62.0%）。功能富集分析显示，所有细胞系中均富集了“基因表达”和“膜运输”通路，而“凋亡”和“轴突导向”通路仅在293T和MCF7细胞中富集。我们鉴定出20个与293T和MCF7细胞凋亡相关的基因，并使用定量实时PCR确认了其中11个基因的表达。

EFEMP1和LXN的表达变化最为显著，其表达得到了验证：敲低EFEMP1和过表达LXN抑制了细胞增殖，诱导了凋亡，并改变了293T和MCF7细胞的生长形态。这是首次对人类细胞在BLV潜伏期的转录组分析，有助于理解BLV的行为。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别