药理学 SYK 抑制后乳腺癌共培养模型中肿瘤相关巨噬细胞的转录组分析
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1507909),针对人乳腺癌共培养模型中经药理学 SYK 抑制处理后的肿瘤相关巨噬细胞进行转录组分析,主题标签为 Transcriptome or Gene expression

基本信息
资源简介
药理学 SYK 抑制后乳腺癌共培养模型中肿瘤相关巨噬细胞的转录组分析
该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组研究项目(ID 1507909),英文名称为“Transcriptomic profiling of tumor-associated macrophages following pharmacological SYK inhibition in a human breast cancer co-culture model”。项目聚焦于人乳腺癌共培养模型,在药理学 SYK 抑制处理后,对肿瘤相关巨噬细胞进行转录组层面的分析,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体来看,该数据集属于围绕单一研究计划组织的生物数据集合,便于用户从一个入口获取该项目所产生的多种数据类型链接,适用于关注乳腺癌微环境、巨噬细胞极化与 SYK 信号通路相关转录组变化的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 1507909。BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合,通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供单一入口,用于查找该项目所产生的多种数据类型链接。本项目的研究背景涉及人乳腺癌共培养模型,以及在该模型中开展药理学 SYK 抑制后对肿瘤相关巨噬细胞进行转录组分析。主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其数据核心属于转录组或基因表达范畴。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌,提示其应用领域与乳腺癌研究相关。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其内容围绕基因表达或转录组层面展开。项目名称明确指向“肿瘤相关巨噬细胞”在“药理学 SYK 抑制”后的“转录组分析”,并置于“人乳腺癌共培养模型”中。因此,数据内容在概念上涉及肿瘤相关巨噬细胞、SYK 抑制处理、人乳腺癌共培养模型以及转录组分析这几个要素。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件类型、基因表达矩阵或差异表达结果等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Transcriptomic profiling of tumor-associated macro... (ID 1507909) - BioProject - NCBI”。其英文名称为“PRJNA1507909: Transcriptomic profiling of tumor-associated macrophages following pharmacological SYK inhibition in a human breast cancer co-culture model”。项目记录本身是 BioProject 条目,提供指向该项目所生成多种数据类型的链接入口。关于样本采集的具体方法、共培养模型的构建细节、SYK 抑制剂的种类与处理条件、测序或表达谱采集的具体流程等,源站未提供。
【适用场景】
基于项目名称与主题标签,该数据集适用于与人乳腺癌共培养模型、肿瘤相关巨噬细胞、药理学 SYK 抑制以及转录组或基因表达分析相关的研究场景。研究人员可将其作为探索 SYK 抑制对肿瘤相关巨噬细胞转录组影响的参考数据入口。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌,也提示其可用于乳腺癌相关的基础或转化研究背景。关于具体的适用分析类型、可支持的假设检验或临床转化用途,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供,用户可通过 BioProject ID 1507909 在 NCBI 站点查找该项目,并经由记录中的链接访问该项目所产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或代码等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject,属于围绕单一研究计划组织的数据集合。关于数据质量指标、样本量、测序深度、批次效应、技术重复或生物学重复等信息,源站未提供。关于该数据集在统计效力、可重复性或适用范围方面的限制,源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1507909
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肿瘤相关巨噬细胞促进乳腺癌中的免疫抑制。为研究药物性SYK抑制的转录效应,将来自3名健康供体的原代人单核细胞与BT474乳腺癌细胞在溶剂对照或0.2 µM R406存在下共培养7天。通过荧光激活细胞分选术分离CD45阳性的肿瘤相关巨噬细胞,并通过bulk RNA测序进行分析。该数据集可用于对独立供体间由R406诱导的转录重塑进行配对分析。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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