基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

BYSL敲低MDA-MB-231人乳腺癌细胞转录组图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组研究项目，编号 1499046，英文名称为“Transcriptomic profiling of BYSL knockdown in MDA-MB-231 human breast cancer cells”。从名称与主题标签来看，该项目围绕人乳腺癌细胞系 MDA-MB-231 中 BYSL 基因敲低后的基因表达变化展开，属于转录组或基因表达研究范畴。BioProject 作为生物数据集合，旨在将同一研究计划产生的多种数据类型汇聚于统一入口，便于用户发现和访问相关数据。该数据集在本站被归类为肿瘤 / 乳腺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，整体聚焦于 BYSL 敲低对乳腺癌细胞转录组的影响，为研究者了解该基因在乳腺癌细胞中的表达调控作用提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1499046。BioProject 是围绕单一研究计划组织起来的生物数据集合，这些计划通常由单一机构或联盟发起。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，用以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的英文标题明确指出其研究内容为“Transcriptomic profiling of BYSL knockdown in MDA-MB-231 human breast cancer cells”，即对 MDA-MB-231 人乳腺癌细胞中 BYSL 敲低后的转录组进行分析。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明该项目的核心数据属于转录组或基因表达层面。关于该研究的具体立项背景、研究机构、资助来源等信息，源站未提供。

【数据内容】

依据项目标题与主题标签，该数据集的内容为在 MDA-MB-231 人乳腺癌细胞中敲低 BYSL 后获得的转录组图谱。转录组或基因表达类数据通常用于反映特定条件下细胞内基因转录水平的变化，因此该项目的数据应涉及 BYSL 敲低条件下基因表达信息的测定结果。项目名称中的“Transcriptomic profiling”表明其工作重点在于对转录组进行全局性分析，而非仅针对单一基因。关于样本数量、测序平台、数据文件类型、数据量大小、具体表达基因列表或差异表达分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录，项目 ID 为 1499046。BioProject 记录本身并不直接等同于原始数据文件，而是作为项目入口，链接到由该研究计划产生的多种数据类型。因此，该数据集的采集与来源可理解为通过 NCBI BioProject 平台进行组织与发布，原始数据可能关联至 NCBI 体系内的其他数据资源。关于样本采集的具体方法、细胞培养条件、敲低实验手段、测序建库流程、数据提交机构及提交时间等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与乳腺癌转录组研究相关的分析场景。由于项目聚焦于 MDA-MB-231 人乳腺癌细胞中 BYSL 敲低后的基因表达变化，其潜在应用包括：研究 BYSL 基因在乳腺癌细胞转录调控中的作用，分析敲低该基因后受影响的下游基因或通路，以及将该项目数据与其他乳腺癌转录组数据集进行比较或整合分析。主题标签“Transcriptome or Gene expression”也表明，该数据可用于基因表达层面的探索性研究。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后评估或药物靶点验证等具体应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 平台访问，用户可依据项目 ID 1499046 在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找对应记录。BioProject 记录提供链接以访问该项目产生的多种数据类型，因此使用者可通过该入口进一步获取相关数据文件或关联资源。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具建议、预处理步骤及使用协议等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源，其项目记录提供了统一的数据发现入口。然而，关于该数据集的质量评估指标、数据完整性、测序深度、重复样本数量、批次效应控制情况以及潜在的技术偏差等信息，源站未提供。此外，该数据集基于 MDA-MB-231 细胞系，属于体外模型，其结论能否直接推广至临床或其他乳腺癌亚型，源站未提供相关说明。使用者应结合自身研究目的，谨慎评估该数据集的适用性。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339488

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1499046

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为表征人乳腺癌细胞中 BYSL 敲低的转录效应，将 MDA-MB-231 细胞转染阴性对照 siRNA 或靶向 BYSL 的 SI-BYSL-Homo-838。每种条件均进行三个生物学重复的链特异性 poly(A)+ RNA 测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别