基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1493197：SRPK2过表达重塑三阴性乳腺癌细胞转录组图谱

PRJNA1493197 是一个来自 NCBI BioProject 的生物学项目数据集，其英文名称为“SRPK2 overexpression remodels the transcriptome landscape of triple-negative breast cancer cells”，中文可理解为“SRPK2 过表达重塑三阴性乳腺癌细胞的转录组图谱”。该数据集在分类上属于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心关注点是转录组或基因表达层面的研究。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject 编号为 1493197。整体来看，该数据集围绕 SRPK2 过表达对三阴性乳腺癌细胞转录组格局的影响展开，适合用于了解该特定生物学项目所关联的转录组与基因表达数据资源。

【数据集背景】

该数据集对应的源站标题为“SRPK2 overexpression remodels the transcriptome la... (ID 1493197) - BioProject - NCBI”，其完整英文名称进一步说明研究主题是 SRPK2 过表达重塑三阴性乳腺癌细胞的转录组图谱。从分类来看，它被归入肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。BioProject 作为 NCBI 的一项资源，通常用于汇集与某一具体研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自单一机构或联合体。该项目的编号为 1493197，用户可通过该编号在 NCBI BioProject 中定位到对应记录。关于该研究更具体的实验背景、研究团队、资助信息等，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其内容与转录组或基因表达相关。数据集英文名称表明其研究内容涉及 SRPK2 过表达对三阴性乳腺癌细胞转录组 landscape 的重塑。因此，从主题上看，该数据集应包含与基因表达、转录组变化相关的数据资源。不过，关于具体的数据类型、样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小、是否包含原始测序数据或处理后数据等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 资源，项目编号为 1493197。BioProject 记录的作用是为用户提供一个统一入口，以便查找与某一项目相关的多种数据类型。该项目记录来自单一组织或联合体，但具体来源机构、研究单位、作者信息、样本采集方式、实验设计、测序或检测方法等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和名称，该数据集适用于与转录组、基因表达相关的研究场景，尤其是围绕三阴性乳腺癌细胞中 SRPK2 过表达影响的分析。潜在使用方向可能包括：查找该 BioProject 关联的转录组数据、了解 SRPK2 过表达对基因表达谱的潜在影响、作为乳腺癌转录组研究的参考资源之一。但具体适用场景、分析目标、可支持的结论类型等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 平台，以编号 1493197 进行检索和访问。BioProject 记录通常提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取相关数据。关于具体的数据下载方式、访问权限、所需工具、分析流程、数据处理步骤等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物学项目记录。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，分类为肿瘤 / 乳腺癌。关于数据质量、样本量、技术重复、数据完整性、潜在偏差、使用限制、伦理审查信息等，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1493197。关于具体的引用格式、许可条款、使用条件、版权信息等，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338307

访问原始数据

下载信息

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1493197

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SRPK2（SRSF蛋白激酶2）是一种富含丝氨酸/精氨酸蛋白特异性激酶，可磷酸化SR剪接因子并调控前体mRNA的可变剪接。SRPK2在乳腺癌中高表达，且与不良预后相关。为表征SRPK2如何重塑三阴性乳腺癌中的基因表达，我们对瞬时转染SRPK2-FLAG表达质粒（OE）或相应空载体（NC）的MDA-MB-231细胞进行了链特异性RNA-seq。总体设计：对MDA-MB-231（三阴性乳腺癌）细胞进行链特异性RNA-seq。比较两种条件：SRPK2-FLAG过表达（OE）和空载体阴性对照（NC），每种条件三个生物学重复（共六个文库）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别