人HER2+ JIMT1-BR3与JIMT1-BR3-LM4乳腺癌细胞比较RNA-seq分析
数据聚焦转录组或基因表达层面，可用于比较两种细胞系之间的基因表达差异，服务于乳腺癌相关转录组研究（来源 NCBI）。BioProject 是与单一计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合
基本信息
资源简介
人HER2+ JIMT1-BR3与JIMT1-BR3-LM4乳腺癌细胞比较RNA-seq分析
PRJNA1491439 是一个聚焦于人类 HER2 阳性乳腺癌细胞的比较转录组研究项目，全称为 Comparative RNA-seq profiling of human HER2+ JIMT1-BR3 and JIMT1-BR3-LM4 breast cancer cells。该项目通过 RNA-seq 技术对两种细胞系进行基因表达层面的比较分析，旨在揭示二者在转录组水平上的差异。数据归属于肿瘤 / 乳腺癌分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 作为与单一计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合，为用户提供了查找该项目所生成各类数据的统一入口。整体而言，该数据集服务于乳腺癌相关转录组研究，可用于比较 JIMT1-BR3 与 JIMT1-BR3-LM4 两种细胞系之间的基因表达差异。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 PRJNA1491439。其研究对象为人类 HER2 阳性乳腺癌细胞，具体涉及 JIMT1-BR3 和 JIMT1-BR3-LM4 两种细胞系。BioProject 的设计初衷是汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据源自单一组织或联盟，并为用户提供一个集中查找该项目所生成多种数据类型链接的场所。在此背景下，该数据集以比较转录组分析为核心，关注两种细胞系在基因表达层面的异同，属于肿瘤学中乳腺癌研究的一个分支。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容聚焦于转录组或基因表达层面。具体而言，数据涉及对人类 HER2 阳性 JIMT1-BR3 和 JIMT1-BR3-LM4 乳腺癌细胞进行 RNA-seq 比较分析，可用于比较两种细胞系之间的基因表达差异。关于样本数量、测序深度、具体基因列表、差异表达倍数等详细数据内容，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目英文名称为 PRJNA1491439: Comparative RNA-seq profiling of human HER2+ JIMT1-BR3 and JIMT1-BR3-LM4 breast cancer cells。源站标题显示为 Comparative RNA-seq profiling of human HER2+ JIMT1... (ID 1491439) - BioProject - NCBI。关于具体的采集方法、实验流程、测序平台、建库策略等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关转录组研究，尤其是针对 HER2 阳性乳腺癌细胞系的基因表达比较分析。研究人员可利用该数据比较 JIMT1-BR3 与 JIMT1-BR3-LM4 两种细胞系之间的转录组差异，从而服务于基因表达层面的探索。此外，由于 BioProject 记录提供了查找该项目所生成各类数据的统一入口，该数据集也可作为获取相关生物数据链接的起点。关于更具体的适用场景，如药物响应、通路分析等，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI 的 BioProject 数据库访问该项目，项目编号为 PRJNA1491439。BioProject 记录为用户提供了一个单一入口，用于查找与该项目相关的多种数据类型链接。关于数据下载方式、文件格式、分析工具等具体使用方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，属于公开的生物数据集合。关于数据质量评估指标、样本量、测序质量、批次效应、技术重复等具体质量信息，源站未提供。同时，关于该数据集在应用中的限制条件，如细胞系代表性、体外实验与体内情况的差异等，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等具体信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1491439
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
通过鞘内注射JIMT1-BR3 HER2+细胞系，建立了一种人HER2阳性软脑膜定植模型JIMT1-BR3-LM4，该细胞系此前已能形成脑实质转移并偶发软脑膜转移。本研究采用bulk RNA测序，以界定亲本JIMT1-BR3细胞与嗜软脑膜衍生株JIMT1-BR3-LM4之间的转录组差异。这些数据为识别与HER2阳性乳腺癌软脑膜定植相关的基因表达变化提供了资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
