PRJNA1490099:sRNA Seq NuRD 亚基敲低

数据围绕 NuRD 亚基敲低后的 sRNA 测序展开,可用于研究小 RNA 表达变化及相关转录组调控。BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一项目下多种类型的数据,并提供统一入口链接到该项目产生的各类数据(来源 NCBI)

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1490099: sRNA Seq NuRD subunit knockdown

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1490099:sRNA Seq NuRD 亚基敲低

PRJNA1490099 是一个围绕 sRNA 测序(sRNA Seq)与 NuRD 亚基敲低实验而建立的 BioProject 记录,源站标题为“sRNA Seq NuRD subunit knockdown (ID 1490099)”,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库。该数据集在本站被归类于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其数据内容与转录组或基因表达研究相关。整体来看,该数据集的核心线索是:在 NuRD 复合物亚基被敲低之后开展小 RNA 测序,从而为研究小 RNA 表达变化以及相关的转录组调控提供数据基础。BioProject 作为记录形式,汇集了由单一机构或联盟发起的同一项目下多种类型的数据,并提供统一入口链接到该项目产生的各类数据。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 数据库,记录标识为 1490099,英文名称为“PRJNA1490099: sRNA Seq NuRD subunit knockdown”。BioProject 的设计初衷是汇集与单一研究计划相关的生物学数据,这些数据源自单一组织或联盟。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,用以查找该项目所产生的多种数据类型。就本数据集而言,其研究背景聚焦于 NuRD 亚基敲低条件下的 sRNA 测序,属于转录组或基因表达研究范畴,并在本站被归入肿瘤 / 乳腺癌分类之下。

【数据内容】

从名称与主题标签可以确认,该数据集的内容为 sRNA 测序数据,实验条件涉及 NuRD 亚基的敲低。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明数据与转录组或基因表达相关。数据围绕 NuRD 亚基敲低后的 sRNA 测序展开,可用于研究小 RNA 表达变化及相关转录组调控。关于具体样本数量、测序平台、读长、数据量、分析结果等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 记录。BioProject 记录汇集的是由单一机构或联盟发起的同一项目下的多种数据类型,并提供统一入口链接到该项目产生的各类数据。就本数据集而言,其采集与来源的具体实验设计、样本采集方式、建库方法、测序机构等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究 NuRD 亚基敲低后小 RNA 表达变化及相关转录组调控的场景。由于本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌,也可作为该方向下探索小 RNA 与转录组调控关系的参考数据。其主题标签 Transcriptome or Gene expression 进一步表明,该数据可用于转录组或基因表达相关的研究。关于更具体的适用分析类型、疾病模型或应用方向,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供,用户可通过 BioProject 的统一入口查找并链接到该项目产生的各类数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或使用步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 记录,其描述强调 BioProject 作为单一研究计划相关数据的汇集入口。关于数据质量指标、覆盖度、测序深度、样本量、批次信息或已知限制,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1490099

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA聚合酶III(Pol III)合成对翻译、RNA加工和转录调控至关重要的非编码RNA。其活性与细胞生长和营养可用性相一致,其失调与乳腺癌和脑白质营养不良等疾病有关。在此,我们测试了NuRD亚基MTA3、HDAC1和HDAC2敲低对小RNA表达的影响。总体设计:来自经对照siRNA、siHDAC1、siHDAC2和siMTA3处理的HEK293T细胞的小RNA测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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