PRJNA1483555:LRIG1与EGFR L747A干预的乳腺癌细胞系RNA-seq图谱
项目围绕 LRIG1 与 EGFR L747A 的干预开展转录组测序,可用于研究乳腺癌细胞系中相关基因操作对基因表达的影响

基本信息
资源简介
PRJNA1483555:LRIG1与EGFR L747A干预的乳腺癌细胞系RNA-seq图谱
该数据集为一项围绕乳腺癌细胞系开展的转录组测序项目,英文名称为“PRJNA1483555: RNA-seq profiling of breast cancer cell-line samples with LRIG1 and EGFR L747A manipulation”,源站标题为“RNA-seq profiling of breast cancer cell-line sampl... (ID 1483555) - BioProject - NCBI”,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,本站分类归入肿瘤 / 乳腺癌。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,侧写线索给出的短描述指出,项目围绕 LRIG1 与 EGFR L747A 的干预开展转录组测序,可用于研究乳腺癌细胞系中相关基因操作对基因表达的影响。整体来看,该数据集属于乳腺癌细胞系转录组研究范畴,核心关注点在于 LRIG1 与 EGFR L747A 相关操作条件下的基因表达谱变化,适合作为转录组层面的分析素材。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕某一项研究计划或项目所汇集的生物学数据集合,通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。本项目聚焦于乳腺癌细胞系样本,并涉及 LRIG1 与 EGFR L747A 的干预操作,属于肿瘤 / 乳腺癌分类下的转录组或基因表达研究。其主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”,说明项目的主要数据产出与基因表达相关。
【数据内容】
该数据集的核心内容为 RNA-seq 转录组测序数据,研究对象为乳腺癌细胞系样本,实验条件涉及 LRIG1 与 EGFR L747A 的操控。根据侧写线索,项目围绕这两种干预开展转录组测序,可用于研究乳腺癌细胞系中相关基因操作对基因表达的影响。数据主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。除上述信息外,关于样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或差异分析结果等具体内容,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其记录于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目 ID 为 1483555。BioProject 作为生物学数据的汇集入口,旨在将同一项目下的多种数据类型集中关联,便于用户检索与访问。本项目记录提供了与乳腺癌细胞系 RNA-seq 相关的数据链接入口。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌细胞系中基因表达相关的研究场景,尤其是涉及 LRIG1 与 EGFR L747A 干预条件下的转录组分析。潜在用途包括:研究相关基因操作对乳腺癌细胞系基因表达谱的影响;作为转录组层面的数据资源,用于探索基因表达变化;在肿瘤 / 乳腺癌研究背景下,为相关机制研究提供表达数据支持。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,其适用方向主要集中在基因表达与转录组分析。关于具体的分析流程、统计方法或验证实验,源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录入口访问该项目,项目 ID 为 1483555。BioProject 记录提供单一入口,用于查找该项目产生的多种数据类型。用户可依据项目页面中的链接进一步获取相关数据。关于数据下载格式、预处理步骤、分析工具或代码等具体使用方法,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共数据库记录。关于数据质量指标、测序深度、重复数、批次效应或质控结果等信息,源站未提供。由于仅涉及乳腺癌细胞系样本,其结果向临床或体内场景的外推需谨慎。关于样本量、统计功效或验证程度,源站未提供。用户在使用时应结合项目页面中的原始记录自行评估数据适用性。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可条款或使用限制,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 页面中的相关说明,并遵循源站的数据使用政策。关于具体的引用格式或授权信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483555
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对人类乳腺癌细胞系样本进行了批量RNA测序,以比较对照组、LRIG1缺失组、LRIG1组以及LRIG1加EGFR L747A组的转录组图谱。总体设计:分析了十二个细胞系RNA-seq文库,包括对照组、LRIG1缺失组、LRIG1组和LRIG1加EGFR L747A组,每组三个生物学重复。基因表达值以处理后的FPKM矩阵形式提供。
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