PRJNA1483379:THP-1中POLR3G和POLR3GL敲除及HEK293T中POLR3G敲低的小RNA测序

该数据可用于研究POLR3G与POLR3GL在转录组或基因表达调控中的作用,以及小RNA层面的变化,适合开展基因功能与表达调控相关的分析(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1483379: small RNA seq: POLR3G and POLR3GL knockout in THP-1 and POLR3G knockdown in HEK293T

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1483379:THP-1中POLR3G和POLR3GL敲除及HEK293T中POLR3G敲低的小RNA测序

PRJNA1483379 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的小 RNA 测序项目,英文全称为“small RNA seq: POLR3G and POLR3GL knockout in THP-1 and POLR3G knockdown in HEK293T”。从名称可以看出,该项目围绕 POLR3G 与 POLR3GL 两个基因,在 THP-1 与 HEK293T 两种细胞背景下开展了敲除或敲低处理,并在此基础上进行小 RNA 测序。该数据集在本站被归类于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,提示其数据内容与转录组或基因表达调控相关。整体而言,该数据集可用于研究 POLR3G 与 POLR3GL 在转录组或基因表达调控中的作用,以及小 RNA 层面的变化,适合开展基因功能与表达调控相关的分析。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为“small RNA seq: POLR3G and POLR3GL knockout in THP-... (ID 1483379) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而汇集的一组生物学数据,通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该项目聚焦于 POLR3G 与 POLR3GL 两个基因,在 THP-1 细胞中开展敲除实验,在 HEK293T 细胞中开展 POLR3G 敲低实验,并采用小 RNA 测序手段获取数据。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类,主题标签为转录组或基因表达。

【数据内容】

该数据集的核心内容为小 RNA 测序数据,涉及 POLR3G 与 POLR3GL 在 THP-1 细胞中的敲除,以及 POLR3G 在 HEK293T 细胞中的敲低。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明数据与转录组或基因表达相关。关于具体的样本数量、测序深度、读长、数据量、文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,收录于 NCBI BioProject 数据库,项目编号为 PRJNA1483379。源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划或倡议、来自单一机构或联合体的生物学数据集合,并为用户提供查找该项目多种数据类型的统一入口。关于具体的实验操作流程、细胞培养条件、测序平台、建库方法、采集时间与地点等信息,源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索,该数据可用于研究 POLR3G 与 POLR3GL 在转录组或基因表达调控中的作用,以及小 RNA 层面的变化,适合开展基因功能与表达调控相关的分析。结合本站分类“肿瘤 / 乳腺癌”,该数据集可能适用于与肿瘤或乳腺癌相关的基因功能研究场景。关于更具体的适用分析类型或疾病模型,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。通常可通过 NCBI BioProject 记录入口查找该项目关联的多种数据类型,但针对本数据集的具体下载方式、分析流程或操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、覆盖度、重复数、批次效应或其它技术限制的说明。由于缺乏样本数量、测序深度、数据量等具体指标,无法对数据质量做出进一步判断。相关限制信息源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483379

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA聚合酶III(Pol III)合成对翻译、RNA加工和转录调控至关重要的非编码RNA。其活性与细胞生长和营养可用性相一致,其失调与乳腺癌和脑白质营养不良等疾病有关。在此,我们探究了THP-1中POLR3G和POLR3GL敲除以及HEK293T中POLR3G敲低对小RNA表达的影响。总体设计:在THP-1中敲除POLR3G和POLR3GL,并在HEK293T中通过使用200nM靶向POLR3G的ASO处理细胞48小时来敲低POLR3G。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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