EO771乳腺癌细胞三种条件下Bulk RNA-seq
数据可用于研究不同处理条件下乳腺癌细胞的转录组变化与基因表达差异，支持差异表达分析、表达量建模及相关回归预测任务，为乳腺癌机制探索提供转录层面基础（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
EO771乳腺癌细胞三种条件下Bulk RNA-seq
PRJNA1479994 是一个收录于 NCBI BioProject 的转录组数据集，全称为 Bulk RNA-seq of EO771 breast cancer cells with 3 conditions。该数据集围绕 EO771 乳腺癌细胞在三种不同条件下开展批量 RNA 测序，属于肿瘤／乳腺癌研究领域，主题标签为转录组或基因表达。整体而言，该数据可用于研究不同处理条件下乳腺癌细胞的转录组变化与基因表达差异，支持差异表达分析、表达量建模及相关回归预测任务，为乳腺癌机制探索提供转录层面的基础。数据来源为 ncbi.nlm.nih.gov，用户可通过该 BioProject 记录获取与该项目相关的多种数据类型链接。
【数据集背景】
该数据集属于肿瘤／乳腺癌研究方向，聚焦于 EO771 乳腺癌细胞。BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物学数据集合，通常来源于单一机构或联合体，其记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心内容与转录组和基因表达相关。源站未提供更多关于研究动机、疾病模型背景或具体科学问题的说明。
【数据内容】
该数据集为 EO771 乳腺癌细胞的批量 RNA-seq 数据，涵盖三种条件。批量 RNA-seq 通常用于在群体细胞水平上测定基因表达，因此该数据可用于刻画不同条件下乳腺癌细胞的转录组变化与基因表达差异。源站未提供样本数量、测序平台、读长、重复数、具体条件名称及数据文件规模等细节。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 PRJNA1479994，源站标题为“Bulk RNA-seq of EO771 breast cancer cells with 3 c... (ID 1479994) - BioProject - NCBI”。作为 BioProject 记录，它提供指向该项目所生成多种数据类型的链接。源站未提供具体的采集方法、实验流程、建库方式及测序参数等信息。
【适用场景】
根据侧写线索，该数据可用于研究不同处理条件下乳腺癌细胞的转录组变化与基因表达差异，支持差异表达分析、表达量建模及相关回归预测任务，为乳腺癌机制探索提供转录层面基础。这些用途与批量 RNA-seq 的常见分析方向一致，但源站未提供针对该数据集的具体分析结论或验证结果。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法、分析流程或推荐工具。用户可依据 BioProject 记录查找与该项目相关的数据链接，并结合转录组数据的通用分析思路开展差异表达分析、表达量建模及相关回归预测等任务。源站未提供数据下载方式、预处理步骤或质量控制建议。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、测序深度、重复性、批次效应或技术偏差的具体信息。由于缺少样本数量、条件设置和实验设计细节，使用者在解释结果时需注意这些限制。源站未提供任何质量评估结论或局限性说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可条款或使用限制。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 记录及相关数据页面中的说明。源站未提供具体的引用文献或授权信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1479994
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为比较六种实验条件下的mRNA表达谱，进行了批量RNA测序：EO771乳腺癌细胞单培养；将DRG神经元的条件培养基应用于EO771细胞；以及EO771与DRG神经元直接共培养后，通过荧光激活细胞分选(FACS)分离EO771细胞群体。目的是识别由肿瘤-神经元相互作用调控的转录程序，包括急性基因表达变化、细胞间信号传导途径以及更广泛的通路级改变。该数据集旨在用于差异表达分析、通路富集及下游功能研究的假设生成。总体设计：生物学重复：每种条件n = 3个独立样本。从每个样本中提取RNA，并使用标准化协议进行文库制备。比较了三组之间mRNA的差异表达：EO771单培养(EO771_mono)；条件培养基(EO771_CM)和共培养中的EO771群体(EO771_co)。在可行的情况下，样本处理时操作者对实验分组设盲。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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