shB7H3与Scramble E0771肿瘤在对照及饮食诱导肥胖小鼠中的RNA-seq分析
数据覆盖转录组或基因表达层面,可用于比较不同 B7H3 表达状态与肥胖背景下肿瘤的基因表达差异,服务于乳腺癌相关转录组研究与差异表达分析(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
shB7H3与Scramble E0771肿瘤在对照及饮食诱导肥胖小鼠中的RNA-seq分析
PRJNA1479618 是一个围绕乳腺癌转录组研究的公开数据集,全称为 RNA-seq Profiling of shB7H3 and Scramble E0771 Tumors in Control and Diet-Induced Obese Mice。该数据集聚焦于转录组或基因表达层面,通过 RNA-seq 技术对 shB7H3 与 Scramble 处理的 E0771 肿瘤进行表达谱分析,并同时涵盖对照与饮食诱导肥胖两种小鼠状态。其核心价值在于为比较不同 B7H3 表达状态与肥胖背景下肿瘤的基因表达差异提供数据支撑,服务于乳腺癌相关转录组研究与差异表达分析。数据集来源于 NCBI,属于肿瘤 / 乳腺癌分类,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集起来的生物数据集合,通常由单一机构或联合体发起,其记录为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集即属于这样一个项目记录,编号为 1479618,英文名称为 PRJNA1479618: RNA-seq Profiling of shB7H3 and Scramble E0771 Tumors in Control and Diet-Induced Obese Mice。从名称可以看出,该研究关注的是 shB7H3 与 Scramble 两种条件下 E0771 肿瘤的 RNA-seq 表达谱,并涉及对照小鼠与饮食诱导肥胖小鼠两类背景。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其数据性质属于转录组或基因表达层面。
【数据内容】
该数据集的内容为 RNA-seq 表达谱数据,覆盖 shB7H3 与 Scramble 处理的 E0771 肿瘤样本,并区分对照与饮食诱导肥胖两种小鼠状态。其数据层面属于转录组或基因表达,可用于比较不同 B7H3 表达状态与肥胖背景下肿瘤的基因表达差异。关于样本数量、测序深度、读长、具体基因列表、差异表达结果等细节,源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 记录,项目 ID 为 1479618。该记录作为 BioProject 的一部分,提供指向该项目所产生多种数据类型的链接入口。关于具体的实验方法、测序平台、建库方式、样本处理流程等采集细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌相关转录组研究与差异表达分析,尤其可用于比较不同 B7H3 表达状态与肥胖背景下肿瘤的基因表达差异。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression,因此适合在基因表达层面开展探索性分析。关于更具体的适用场景,如特定通路分析、免疫微环境分析或临床转化方向,源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1479618)查找该项目所链接的多种数据类型。该记录本身作为统一入口,便于定位项目相关数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开项目记录。关于数据质量指标、样本量、批次效应、技术偏差、验证实验等质量相关信息,源站未提供。使用时应结合项目记录中可获取的原始数据与元数据自行评估。关于该数据集的具体限制,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI,源站标题为 RNA-seq Profiling of shB7H3 and Scramble E0771 Tum... (ID 1479618) - BioProject - NCBI。关于引用方式、许可条款、使用限制等具体信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1479618
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肥胖通过肿瘤微环境的免疫抑制性重塑,部分促进三阴性乳腺癌(TNBC)进展。B7-H3(CD276)是一种共抑制性免疫检查点分子,在TNBC中常过表达,并受肥胖相关炎性细胞因子调控。为明确在瘦小鼠和肥胖小鼠的TNBC肿瘤中敲低B7-H3的转录后果,我们对全E0771乳腺肿瘤进行了bulk RNA-seq,这些肿瘤经改造稳定表达靶向B7-H3的shRNA(shB7H3)或乱序shRNA对照。肿瘤取自原位移植的C57BL/6雌性小鼠,这些小鼠分别维持于对照(10% kcal脂肪)或高脂饮食诱导肥胖(60% kcal脂肪)方案。转录组分析和GSEA显示,肥胖小鼠中B7-H3抑制促进了炎症反应、干扰素信号传导和IL6/JAK/STAT3通路特征。
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