PRJNA1477034：结肠癌染色体外环状DNA全基因组特征及其在癌变与进展中的功能作用 [RNA-seq]
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1477034），为 RNA-seq 数据，主题为结肠癌染色体外环状DNA（extrachromosomal circular DNA）的全基因组特征及其在结肠癌癌变与进展中的功能作用
![PRJNA1477034: Genome-wide characterization of extrachromosomal circular DNA and its functional role in colon cancer carcinogenesis and progression [RNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/70887.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1477034：结肠癌染色体外环状DNA全基因组特征及其在癌变与进展中的功能作用 [RNA-seq]
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-seq 项目（ID 1477034），英文名称为“PRJNA1477034: Genome-wide characterization of extrachromosomal circular DNA and its functional role in colon cancer carcinogenesis and progression [RNA-seq]”。其研究主题聚焦于结肠癌中染色体外环状DNA（extrachromosomal circular DNA）的全基因组特征，以及这类环状DNA在结肠癌癌变与进展过程中所发挥的功能作用。数据以转录组或基因表达为标签，属于 RNA-seq 类型，可用于从基因表达层面观察相关生物学过程。该数据集在站内被归入肿瘤 / 乳腺癌分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，这是一个围绕结肠癌染色体外环状DNA功能机制、以 RNA-seq 为数据类型的 BioProject 记录。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1477034。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集的一组生物学数据，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的英文标题表明，其研究目标是“染色体外环状DNA的全基因组特征及其在结肠癌癌变与进展中的功能作用”，并明确标注为 RNA-seq 子项。染色体外环状DNA是一类独立于染色体之外、呈环状结构的DNA分子，在肿瘤研究中受到关注。该数据集即围绕结肠癌背景下这类环状DNA的特征与功能展开，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据与转录组或基因表达相关。
【数据内容】
该数据集为 RNA-seq 数据，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其研究内容指向染色体外环状DNA的全基因组特征，以及该环状DNA在结肠癌癌变与进展中的功能作用。数据以 BioProject 形式组织，项目 ID 为 1477034。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量、具体基因或表达矩阵等更细粒度的内容。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库。项目编号为 1477034，英文标题为“Genome-wide characterization of extrachromosomal circular DNA and its functional role in colon cancer carcinogenesis and progression [RNA-seq]”。源站对 BioProject 的通用描述指出，BioProject 是来自单一机构或联合体、围绕单一研究计划的一组生物学数据集合，并为用户提供查找该项目多种数据类型的统一入口。关于本项目的具体采样地点、样本来源、采集时间、实验机构等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与结肠癌相关的转录组或基因表达研究，尤其是围绕染色体外环状DNA的全基因组特征及其在结肠癌癌变与进展中功能作用的分析场景。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，可将其用于基因表达层面的探索。站内分类为肿瘤 / 乳腺癌，提示其可被归入肿瘤相关数据资源中使用。除此之外，源站未提供更具体的适用场景说明。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过项目 ID 1477037034 在 NCBI BioProject 中定位该记录，并借助 BioProject 提供的统一入口查找该项目关联的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-seq 项目，项目编号为 1477034。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，站内分类为肿瘤 / 乳腺癌。关于数据质量指标、覆盖度、批次效应、样本量、验证情况等，源站未提供。此外，站内分类标注为“肿瘤 / 乳腺癌”，而项目标题与描述指向结肠癌，两者在表述上存在差异，使用时需留意。
【引用与许可】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1477034。关于引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1477034
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
染色体外环状DNA（eccDNA）被定义为由环状且可移动的DNA分子构成的独特基因组实体，但其在乳腺癌（BC）中的分子功能及影响鲜为人知。本研究采用Circle-seq分析了来自19例BC组织和17例癌旁正常组织的eccDNA。我们发现，eccDNA存在于所有染色体上，并富集于7个与BC通路相关的eccDNA热点基因（HSGs）中。鉴定出若干携带完整基因的eccDNA（eccGenes）和携带miRNA的eccDNA（eccMIRs），并将其与癌症相关通路联系起来。合成的eccMIR6748、eccMIR6508和eccMIR3142可提高MCF-7细胞中的miRNA表达，其中eccMIR6748通过上调miR-6748促进BC细胞迁移和侵袭，而miR-6748在转录后水平抑制肿瘤抑制候选因子5（TUSC5）。eccMIR6748还通过p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路影响BC进展。这些发现提示，含有功能性基因组片段的eccDNA在BC的发生和进展中发挥作用，为基因组可塑性提供了动态来源，并具有作为生物标志物和治疗靶点的潜力。
总体设计：本研究包含三项互补的测序分析，针对人类样本，旨在探究环状DNA、microRNA和mRNA的表达谱。共分析了6个样本，分为两个实验组，每组3个生物学重复。A：Circle seq（环状DNA）。在Illumina NovaSeq 6000平台上进行双端150 bp测序。通过外切酶处理去除线性DNA，随后进行滚环扩增。使用BWA将清洁读段比对到参考基因组（HG38），并利用circle map识别环状DNA。差异表达分析采用edgeR进行。B：miRNA seq。单端测序。构建小RNA文库并测序。使用cutadapt修剪读段，将其比对到miRBase pre miRNAs（v22）及新预测的pre miRNAs，使用
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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