基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1476021：结肠癌染色体外环状DNA全基因组特征及其在癌变与进展中的功能作用 [miRNA]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项研究项目，编号 1476021，英文名称为“Genome-wide characterization of extrachromosomal circular DNA and its functional role in colon cancer carcinogenesis and progression [miRNA]”。从名称可以看出，该项目聚焦于结肠癌中染色体外环状DNA（extrachromosomal circular DNA）的全基因组特征，并探讨其在癌变与进展过程中的功能作用，同时包含 miRNA 相关数据。数据集在 BioProject 中登记的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归类于肿瘤方向。整体而言，这是一项围绕结肠癌分子机制、以转录组或基因表达数据为核心的研究资源，可供检索和获取该项目的相关数据链接。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的各类生物学数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，旨在为用户提供一个统一的入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。本数据集对应的正是这样一个项目记录，其研究主题为结肠癌中染色体外环状DNA的全基因组特征及其在癌变和进展中的功能作用，并涉及 miRNA 数据。染色体外环状DNA是一类独立于染色体之外的环状DNA分子，在肿瘤研究中受到关注，而 miRNA 作为基因表达调控的重要分子，也常被纳入此类研究的数据范畴。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目名称中带有“[miRNA]”标识，说明数据中涉及 miRNA 相关内容。此外，项目名称明确指向染色体外环状DNA的全基因组特征及其功能作用，因此数据内容应围绕这一研究对象展开。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、数据文件类型、数据量大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录的形式呈现，项目 ID 为 1476021。BioProject 记录本身并不直接包含全部原始数据，而是提供指向该项目所产生各类数据的链接。关于样本采集地点、采集时间、采集方法、实验设计等具体信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签“Transcriptome or Gene expression”以及项目名称所反映的研究方向，该数据集适用于与结肠癌相关的转录组或基因表达研究，尤其是涉及染色体外环状DNA全基因组特征及其在癌变与进展中功能作用的分析场景，也可用于 miRNA 相关的研究探索。关于更具体的适用场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject ID 1476021 在 NCBI 网站上定位到该项目页面，并借助页面中提供的链接获取该项目关联的各类数据。关于数据下载、处理和分析的具体步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目记录层面的资源。关于数据质量评价、样本量、覆盖度、潜在偏差等具体信息，源站未提供。使用者应注意，BioProject 记录主要用于汇集和链接数据，其本身并不等同于完整的原始数据集合。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334608

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1476021

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色体外环状DNA（eccDNA）被定义为由环状且可移动的DNA分子构成的独特基因组实体，但其在乳腺癌（BC）中的分子功能及影响鲜为人知。本研究采用Circle-seq分析了来自19例BC组织和17例癌旁正常组织的eccDNA。我们发现，eccDNA存在于所有染色体上，并富集于7个与BC通路相关的eccDNA热点基因（HSGs）中。鉴定出若干携带完整基因的eccDNA（eccGenes）和携带miRNA的eccDNA（eccMIRs），并将其与癌症相关通路联系起来。合成的eccMIR6748、eccMIR6508和eccMIR3142可提高MCF-7细胞中的miRNA表达，其中eccMIR6748通过上调miR-6748促进BC细胞迁移和侵袭，而miR-6748在转录后水平抑制肿瘤抑制候选因子5（TUSC5）。eccMIR6748还通过p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路影响BC进展。这些发现提示，含有功能性基因组片段的eccDNA在BC的发生和进展中发挥作用，为基因组可塑性提供了动态来源，并具有作为生物标志物和治疗靶点的潜力。

总体设计：本研究包含三项互补的测序分析，针对人类样本，旨在探究环状DNA、microRNA和mRNA的表达谱。共分析了6个样本，分为两个实验组，每组3个生物学重复。A：Circle seq（环状DNA）。在Illumina NovaSeq 6000平台上进行双端150 bp测序。通过外切酶处理去除线性DNA，随后进行滚环扩增。使用BWA将清洁读段比对到参考基因组（HG38），并利用circle map识别环状DNA。差异表达分析采用edgeR进行。B：miRNA seq。单端测序。构建小RNA文库并测序。使用cutadapt修剪读段，将其比对到miRBase pre miRNAs（v22）及新预测的pre miRNAs，使用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别