PRJNA1475712:Homo sapiens 转录组或基因表达

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 Homo sapiens 转录组或基因表达项目(ID 1475712),本站归类于肿瘤 / 乳腺癌方向

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1475712: Homo sapiens Transcriptome or Gene expression

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1475712:Homo sapiens 转录组或基因表达

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 Homo sapiens 转录组或基因表达项目(ID 1475712),本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议汇集生物数据的记录形式,通常由单一机构或联合体发起,并为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其核心数据与人类转录组或基因表达相关。整体来看,该条目适合作为乳腺癌相关转录组研究的入口记录,用于定位和关联该项目下的表达数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,标题为 Homo sapiens(ID 1475712)- BioProject - NCBI。BioProject 的设计目标是将与单一研究倡议相关的生物数据集中收录,这些数据可能来自单一组织,也可能来自一个联合体。BioProject 记录本身并不等同于某一类具体实验数据,而是提供一个统一的位置,让用户可以找到该项目生成的不同数据类型之间的链接。因此,该数据集的背景是围绕 Homo sapiens 的转录组或基因表达研究而建立的 BioProject 条目,本站进一步将其归入肿瘤 / 乳腺癌方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其内容方向是转录组或基因表达。数据集英文名称为 PRJNA1475712: Homo sapiens Transcriptome or Gene expression。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一入口,以查找为该项目生成的多种数据类型。除上述信息外,关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵、差异基因列表、临床信息字段等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 Homo sapiens(ID 1475712)- BioProject - NCBI。其记录形式为 BioProject,属于 NCBI 体系下的项目级条目。根据源站描述,BioProject 可来自单一组织或联合体,并汇集与单一倡议相关的生物数据。关于该项目的具体提交机构、合作方、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及实验设计细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和本站分类,该数据集可用于乳腺癌 / 肿瘤方向的转录组或基因表达数据检索与定位。BioProject 记录本身适合作为项目入口,帮助用户查找该项目关联的多种数据类型。它可用于了解该 BioProject 的基本归属、主题方向以及数据链接入口。关于该数据集是否适用于特定分析任务,如差异表达分析、生存分析、亚型分型、通路富集或生物标志物发现,源站未提供,因此无法确认其具体适用性。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集,利用 BioProject 提供的统一入口查找该项目生成的不同数据类型。由于该条目为项目级记录,实际使用时应依据源站提供的链接进一步定位转录组或基因表达相关数据。关于下载方式、文件格式、数据处理流程、分析工具推荐或代码示例,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 条目,其描述强调项目级数据汇集与链接功能,而非直接提供经过统一处理的表达矩阵或分析结果。因此,使用时应理解 BioProject 记录与具体实验数据之间的层级关系。关于该项目的样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应、注释版本、质控指标以及潜在偏差,源站未提供。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌,但源站描述中未进一步说明该分类的具体依据或疾病亚型信息。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、数据共享政策以及是否需要遵守特定机构或联合体的条款,源站未提供。用户在使用前应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据链接中的最新说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475712

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目旨在利用MDA-MB-231人乳腺癌细胞建立的异种移植小鼠模型,表征与乳腺癌脊柱转移相关的转录组改变。从原发性乳腺肿瘤和脊柱转移病灶收集的肿瘤组织进行RNA测序,以探究参与转移进展的分子机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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