PRMT1敲低后MDA-MB-231 M3细胞转录组分析

数据聚焦于在MDA-MB-231 M3细胞中敲低PRMT1后的转录组或基因表达谱,可用于分析PRMT1缺失对乳腺癌细胞基因表达的影响,进而研究其调控机制或潜在治疗靶点(来源 NCBI)

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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1473675: PRMT1 knockdown transcriptome profiling in MDA-MB-231 M3 cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRMT1敲低后MDA-MB-231 M3细胞转录组分析

本数据集为 PRMT1 knockdown transcriptome profiling in MDA-MB-231 M3 cells,来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,记录编号为 1473675。该数据聚焦于在 MDA-MB-231 M3 细胞中敲低 PRMT1 后的转录组或基因表达谱,可用于分析 PRMT1 缺失对乳腺癌细胞基因表达的影响,进而研究其调控机制或潜在治疗靶点。从分类上看,该数据属于肿瘤 / 乳腺癌领域,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其核心内容围绕转录组或基因表达展开。BioProject 作为生物数据集合,旨在为同一项研究计划所产生的多种数据类型提供统一的检索入口,因此该记录可帮助用户定位与 PRMT1 敲低实验相关的表达谱数据资源。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为“PRMT1 knockdown transcriptome profiling in MDA-MB-... (ID 1473675) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据集合,其记录为用户提供查找该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。本项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其数据背景与基因表达谱分析相关。研究聚焦于乳腺癌细胞系 MDA-MB-231 M3 中 PRMT1 的敲低处理,属于肿瘤 / 乳腺癌分类下的转录组研究。源站未提供该研究的具体实验设计、处理条件、时间点、重复数等背景细节。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 PRMT1 敲低后 MDA-MB-231 M3 细胞的转录组或基因表达谱。主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”,表明数据涉及基因表达层面的检测结果。侧写线索指出,该数据可用于分析 PRMT1 缺失对乳腺癌细胞基因表达的影响,进而研究其调控机制或潜在治疗靶点。源站未提供具体的基因列表、表达量矩阵、差异表达分析结果、样本数量或测序平台等信息。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库,记录编号为 1473675。BioProject 记录本身不直接包含所有原始数据,而是提供指向该项目所生成的不同数据类型链接的统一入口。源站描述指出,BioProject 可来自单一组织或联盟,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。本数据集的来源站为 NCBI,属于公共生物数据资源。源站未提供样本采集、细胞培养、测序建库等具体实验流程信息。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达谱相关分析,尤其是针对乳腺癌细胞中 PRMT1 功能缺失的研究。潜在应用包括:分析 PRMT1 敲低对 MDA-MB-231 M3 细胞基因表达的影响,探索 PRMT1 在乳腺癌中的调控机制,或评估其作为潜在治疗靶点的可能性。主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明其可服务于基因表达差异分析、通路富集分析等常见转录组研究场景。源站未提供具体的适用分析工具或推荐流程。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,利用其提供的链接查找与项目相关的不同数据类型。由于 BioProject 是数据集合的入口,用户可能需要进一步跳转至相关子数据库或数据文件以获取具体的转录组数据。源站未提供详细的数据下载格式、处理步骤或分析指南。

【质量与限制】

该数据集的来源为 NCBI BioProject,属于公共数据库记录。BioProject 记录本身提供的是项目层面的元数据与链接,而非经过统一处理的表达矩阵或分析结果。源站未提供关于数据质量评估、技术重复、生物学重复、测序深度、覆盖度或批次效应等信息。此外,源站未提供该数据集的具体限制说明,如使用范围、数据完整性或潜在偏差。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用政策以及相关数据子库的说明。源站未提供具体的引用文献或致谢要求。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1473675

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为分析PRMT1敲低在人MDA-MB-231 M3乳腺癌骨转移细胞系中引起的转录组变化,我们进行了RNA-seq。对照组细胞和siPRMT1处理的PRMT1敲低细胞每组各设三个生物学重复进行分析。总体设计:从MDA-MB-231 M3细胞中构建了六个RNA-seq文库:三个对照生物学重复(A_1、A_2、A_3)和三个siPRMT1 PRMT1敲低生物学重复(C_1、C_2、C_3)。文库在Illumina NovaSeq 6000平台上以双端150 bp读长进行测序。

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