PRJNA1471185：人Tr1细胞表观遗传景观、关键转录调控因子及体内鉴定 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1471185

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

1型调节性T（Tr1）细胞是具有免疫调节功能的CD4+ T细胞，由成熟的外周CD4+ T细胞在持续胸腺外抗原刺激下诱导产生。人类Tr1细胞在疾病中的作用尚未完全明确，因为调控其抗原驱动分化的转录因子尚不清楚，而且对于如何在发生抗原相互作用组织中最佳识别它们缺乏共识。在此，我们利用全面的批量及单细胞（sc）转录组学、表观基因组学和TCR库分析，结合基于CRISPR的功能基因组学，对人工抗原诱导的Tr1细胞进行研究，揭示了转录因子IRF4、BATF和MAF在人Tr1细胞分化和功能中的作用。此外，我们鉴定出一种Tr1细胞转录特征，能够在接受Tr1治疗患者外周血CD4+ T细胞的sc-RNA-seq数据集中，以及透明细胞肾细胞癌、三阴性乳腺癌和结直肠癌患者肿瘤浸润CD4+ T细胞中，识别出Tr1样细胞。

这些数据促进了Tr1疗法和靶向Tr1治疗方法的进一步发展，并为人类Tr1细胞生物学提供了新的见解。总体设计：T-allo10和对照T-allo细胞来源于5名健康供体的总CD4+ T细胞/树突状细胞供体对。在培养第10天，通过FACS从T-allo10细胞产品中分离出Tr1和非Tr1细胞，并从T-allo细胞产品中分离出Teff。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。