基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

Cosmc沉默Tn+ 4T1细胞三阴性肿瘤转录组图谱

PRJNA1468737 是一个来源于 NCBI BioProject 数据库的转录组学项目，全称为“Transcriptomic profiling of Cosmc-silenced Tn+ 4T1 cells-bearing triple-negative tumors in mice”。该项目围绕 Cosmc 沉默、Tn 抗原表达与三阴性乳腺癌之间的关系展开，通过转录组或基因表达层面的检测，获取小鼠体内三阴性肿瘤模型的基因表达谱信息。数据集在分类上归属于肿瘤与乳腺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。整体而言，该数据集可用于研究 Cosmc 沉默与 Tn 抗原表达对三阴性乳腺癌基因表达谱的影响，并支持差异表达分析、分子分型及肿瘤相关通路探索，为相关基础研究提供转录组层面的数据基础。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1468737。BioProject 是围绕某一项研究计划或计划集合而建立的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，其记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。该项目的标题表明其研究对象为携带 Cosmc 沉默的 Tn+ 4T1 细胞所形成三阴性肿瘤的小鼠模型，研究重点落在转录组层面，即通过基因表达谱来刻画该模型的特征。本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其核心数据类型属于转录组或基因表达相关数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达数据。项目标题中提及 Cosmc 沉默、Tn+ 4T1 细胞以及小鼠三阴性肿瘤，说明数据应围绕这些实验条件所产生的基因表达信息展开。就具体样本数量、测序平台、 reads 长度、表达矩阵、差异表达基因列表、注释文件或原始数据格式等细节，源站未提供。因此，本数据集在内容层面可被理解为与 Cosmc 沉默和 Tn 抗原表达相关的三阴性乳腺癌转录组数据集合，但更细粒度的数据组成需以源站记录为准。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一项记录。其英文标题为“Transcriptomic profiling of Cosmc-silenced Tn+ 4T1 cells-bearing triple-negative tumors in mice”，源站标题显示为“Transcriptomic profiling of Cosmc-silenced Tn+ 4T1... (ID 1468737) - BioProject - NCBI”。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、实验操作流程、测序建库方法以及数据处理步骤等，源站未提供。该记录作为 BioProject 条目，主要作用是汇集与该研究计划相关的多种数据类型，并提供访问链接。

【适用场景】

根据侧写线索，该数据集可用于研究 Cosmc 沉默与 Tn 抗原表达对三阴性乳腺癌基因表达谱的影响，支持差异表达分析、分子分型及肿瘤相关通路探索。具体而言，研究人员可利用该数据比较不同条件下三阴性肿瘤模型的基因表达差异，探索 Cosmc 沉默或 Tn 抗原表达所关联的分子变化，并在此基础上进行分子分型分析或肿瘤相关信号通路的挖掘。其主题标签也表明，该数据适用于转录组或基因表达层面的研究场景。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问项目编号 PRJNA1468737 所对应的页面，并借助 BioProject 记录所提供的链接查找该项目产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或代码等，源站未提供。因此，使用者需依据源站记录中的实际链接和说明进行后续获取与分析。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开数据库记录，但其具体样本质量、测序深度、数据完整性、批次效应、注释准确性等质量指标，源站未提供。此外，关于该数据是否经过同行评审、是否存在已知技术偏差或覆盖度限制，源站未提供。因此，在使用该数据集时，应结合源站记录中的原始说明进行评估，不宜对未提供的质量属性作出推断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户在使用或引用该数据集时，应直接参考 NCBI BioProject 记录 PRJNA1468737 页面中的相关说明，并遵循来源站点的通用政策与要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE332663

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1468737

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

异常O-糖基化和Tn抗原的积累与三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性表型相关。为了研究Tn抗原表达引起的转录组学后果，我们分析了携带CRISPR/Cas9介导的Cosmc基因沉默的小鼠4T1乳腺癌细胞（Tn+）与亲本野生型4T1细胞（WT）相比的基因表达谱。我们从（Tn和WT）小鼠的4T1细胞荷瘤组织中提取总RNA，并使用Illumina NovaSeq X技术进行RNA测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别