PRJNA1443235：CCR5 调控 DNA 损伤修复与乳腺癌干细胞扩增
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1443235），主题为 CCR5 调控 DNA 损伤修复与乳腺癌干细胞扩增，属于肿瘤/乳腺癌方向
基本信息
资源简介
PRJNA1443235：CCR5 调控 DNA 损伤修复与乳腺癌干细胞扩增
PRJNA1443235: CCR5 Governs DNA Damage Repair and Breast Cancer Stem Cell Expansion 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目数据集，编号为 1443235。该数据集围绕 CCR5 在 DNA 损伤修复以及乳腺癌干细胞扩增中的调控作用展开，属于肿瘤学中乳腺癌研究方向。其主题标签为转录组或基因表达，意味着该项目所产生的数据主要与基因表达层面的信息相关。作为 BioProject 体系下的一条记录，它汇聚了由同一研究计划产生的多种类型生物学数据，为使用者提供了一个集中获取相关数据链接的入口。整体而言，该数据集适合关注乳腺癌分子机制、尤其是 CCR5 功能与干细胞特性关系的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1443235。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些计划通常来自一个机构或一个联合体。一个 BioProject 记录为用户提供了一个统一的位置，用以查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集的标题明确指出其研究核心是 CCR5 对 DNA 损伤修复的调控作用，以及这种调控与乳腺癌干细胞扩增之间的关联。从分类上看，它被归入肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为转录组或基因表达，说明该项目重点关注基因表达层面的变化，而非基因组序列变异或其他类型的组学数据。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。这意味着项目所产生和收录的数据可能涉及 RNA 表达水平、转录本丰度或相关基因表达调控信息。不过，关于具体样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身作为数据链接的集合，并不直接展示所有原始数据文件，而是提供指向不同数据类型的入口。因此，若需了解该数据集具体包含哪些样本、使用了何种实验方法、产生了多少数据量，需要进一步访问源站记录并跳转至关联的数据存档。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的官方网站。它作为 BioProject 数据库中的一条记录存在，编号 1443235。BioProject 的定位是汇集来自单一研究计划或联合体的生物学数据，因此该数据集的采集与来源遵循 BioProject 的一般框架：由项目提交方将相关数据提交至 NCBI，并关联至该 BioProject 记录之下。关于具体的提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息等，源站未提供。该数据集被本站归入肿瘤 / 乳腺癌分类，并带有转录组或基因表达的主题标签，这些分类信息有助于用户在检索时快速定位到相关领域。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌分子机制研究，尤其是关注 CCR5 在 DNA 损伤修复和肿瘤干细胞扩增中作用的研究人员。由于主题标签为转录组或基因表达，它可能适合用于分析基因表达差异、寻找受 CCR5 调控的下游基因、探索 DNA 损伤修复相关通路的表达变化，以及研究乳腺癌干细胞相关基因的表达特征。此外，对于希望利用公共数据资源进行二次分析、整合多组学数据或验证特定假设的研究者，该 BioProject 记录可以作为一个数据入口。它也可用于生物信息学方法开发中的测试数据集，或作为乳腺癌转录组研究背景知识的一部分。但需注意，具体适用性取决于该数据集实际包含的样本类型、实验设计和数据质量，而这些细节源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，用户应首先访问 NCBI BioProject 数据库，通过编号 1443235 定位到该记录。BioProject 记录本身提供指向不同数据类型的链接，用户可根据需要跳转至相应的数据存档（如 SRA、GEO 等，具体关联数据库源站未提供）以获取原始数据或处理后的数据。由于该数据集的主题标签为转录组或基因表达，使用者可能需要具备一定的生物信息学分析能力，例如 RNA-seq 数据处理、表达量定量、差异表达分析等。关于数据下载的具体步骤、所需工具、参考基因组版本、数据处理流程等，源站未提供。建议用户在使用前仔细阅读源站记录中的说明，并参考 NCBI 提供的通用文档。
【质量与限制】
该数据集作为 BioProject 记录，其质量与限制取决于原始提交的数据和 NCBI 的审核流程。BioProject 本身是一个元数据记录，不直接对数据质量进行评价。关于该数据集的具体质量指标，如测序深度、重复数、数据完整性等，源站未提供。限制方面，由于源站未提供详细的样本信息、实验设计和数据处理方法，用户在使用时可能面临元数据不足的问题，需要结合原始数据文件自行判断。此外，该数据集仅涵盖转录组或基因表达层面，不包含基因组、蛋白质组或代谢组等其他类型数据，因此无法单独用于全面解析 CCR5 在 DNA 损伤修复中的全部机制。用户应注意数据的使用范围，避免过度推断。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式，源站未提供具体的引用格式或推荐引用文献。使用该数据集时，应遵循 NCBI BioProject 的通用引用指南，并注明项目编号 1443235。关于许可信息，源站未提供该数据集的具体使用许可条款。通常，NCBI 数据库中的数据使用需遵守 NCBI 的数据使用政策和相关法律法规。用户在使用前应查阅 NCBI 网站上的通用条款，并尊重数据提交者的权益。若需将数据用于发表，建议直接联系项目提交方或参考源站记录中可能提供的引用要求。由于源站未提供许可细节，用户应谨慎处理数据的再分发和商业使用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1443235
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
趋化因子受体CCR5在人乳腺癌上皮细胞中的功能意义尚不明确。在此，我们报道CCR5在人乳腺癌中的表达与不良预后相关。CCR5+乳腺癌上皮细胞形成乳腺球并在小鼠中引发肿瘤的效率高出60倍以上。将CCR5表达重新引入CCR5阴性乳腺癌细胞可促进肿瘤转移并诱导DNA修复基因表达和活性。CCR5拮抗剂Maraviroc和Vicriviroc显著增强了DNA损伤化疗药物介导的细胞杀伤。单细胞分析揭示CCR5调控PI3K/Akt、核糖体生物发生和细胞存活信号传导。由于CCR5增强DNA修复并在癌性而非正常乳腺上皮细胞上选择性重新表达，CCR5抑制剂可能增强基于DNA损伤反应治疗的肿瘤特异性活性，从而允许标准化疗和放疗的剂量减少。总体设计：RNA seq分析揭示CCR5调控PI3K/Akt、核糖体生物发生和细胞存活信号传导。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
