基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

不同CTGF rs9399005 SNP基因型原代真皮成纤维细胞照射或假照射后的转录分析

PRJNA1440484 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的转录组研究项目，标题为“Transcription analysis of primary dermal fibroblasts with different genotypes for CTGF rs9399005 SNP after irradiation or sham irradiation”。该项目聚焦于不同 CTGF rs9399005 单核苷酸多态性基因型的原代真皮成纤维细胞，在受到照射或假照射处理后的转录情况，属于转录组或基因表达研究范畴。在本站分类中，该数据集被归入肿瘤 / 乳腺癌方向。整体而言，该数据集为研究者提供了一个围绕特定基因型与辐射处理交互作用的基因表达数据入口，可用于探索遗传背景差异对细胞辐射应答转录特征的影响。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1440484。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，旨在为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。本项目的研究主题涉及 CTGF rs9399005 SNP 不同基因型的原代真皮成纤维细胞，并比较其在照射与假照射条件下的转录情况。这一设计意味着研究关注遗传变异与辐射暴露两个因素对细胞基因表达谱的潜在影响。本站将该数据集分类为肿瘤 / 乳腺癌，提示其可能被用于与肿瘤或乳腺癌相关的转录研究背景中，但具体关联机制源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据属于转录组或基因表达层面。项目标题明确指出分析对象为原代真皮成纤维细胞，并且这些细胞具有不同的 CTGF rs9399005 SNP 基因型。实验条件包括照射和假照射两种处理，因此数据内容应涵盖不同基因型细胞在两种处理条件下的转录分析结果。然而，关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵、差异表达基因列表或任何定量指标，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，但该分类与数据内容之间的具体联系源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录形式呈现，项目 ID 为 1440484。源站标题显示为“Transcription analysis of primary dermal fibrobas... (ID 1440484) - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义，该记录汇集了与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一组织或联合体。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、细胞来源个体信息以及照射处理的具体参数，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及原代真皮成纤维细胞、CTGF rs9399005 SNP 基因型差异以及照射与假照射条件比较的分析。由于本站将其分类为肿瘤 / 乳腺癌，可能适用于探索遗传变异与辐射应答在肿瘤相关细胞模型中的表达特征，但具体应用方向需结合源站记录进一步确认。该数据集也可用于方法学参考，例如研究如何设计包含基因型分层和照射处理的转录组实验。其他潜在应用场景源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 1440484 检索并访问该记录。BioProject 记录通常提供指向该项目所产生的不同类型数据的链接，用户可据此获取转录组或基因表达相关数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具，源站未提供。由于该数据集涉及照射与假照射条件下的比较，使用者在分析时可能需要考虑基因型分组和处理条件分组，但详细的分析建议源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。关于数据质量的具体指标，如测序深度、重复数、数据完整性或质控结果，源站未提供。该项目的标题和主题标签表明其聚焦于转录组或基因表达，但样本量、统计功效以及潜在批次效应等信息源站未提供。此外，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，但该分类与原始研究设计之间的直接关联源站未提供。使用者应结合源站记录自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 记录中可能附带的引用指南或相关数据政策。由于源站未提供具体许可信息，建议在使用前查阅 NCBI 官方说明或联系数据提交者以确认使用条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325569

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1440484

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

此前已建立了一个用于预测乳腺癌患者放疗后皮肤纤维化的模型，并在由功能性RILA检测确定的高风险亚组中，识别出与风险降低相关的rs9399005非编码候选SNP。该SNP位于CTGF基因下游，但其生物学功能尚不清楚。本研究旨在探讨其在转录水平上的功能影响。先前已对候选SNP进行基因分型的患者来源真皮成纤维细胞取自当地生物样本库。最初，针对主要纯合子（CC）、杂合子（CT）和次要纯合子（TT）基因型，每种各培养6株成纤维细胞至第6代，并暴露于4 Gy照射或假照射，但其中1株TT成纤维细胞因质量差且生长缓慢而被排除在研究之外。在照射前（第0天）和治疗后第2天收集细胞总RNA，使用RNA-seq进行基因表达定量。

使用Trimmomatic进行数据修剪、Kallisto进行伪比对及数据标准化(voom函数，limma)后，利用limma包进行了差异基因表达(DGE)分析(FDR<0.05)。通路富集分析采用R语言中的ReactomePA包完成。结果：在基线(第0天)时，各基因型间(TT与CC：n=5；TT与CT：n=2；CT与CC：n=1)鉴定出的差异表达基因(DEGs)较少。第2天的转录组变化通过将各基因型受辐射和未处理样本与作为共同对照的基线(第0天)未处理CC基因型进行比较来评估。不同基因型的成纤维细胞之间DEGs数量存在显著差异(p<0.001，卡方检验)。第2天DEGs数量最多的是CC成纤维细胞(0 Gy：n=2372，4 Gy：n=9576)，而TT基因型的成纤维细胞DEGs显著较少(0 Gy：n=523，4 Gy：n=3538)，CT成纤维细胞则介于两者之间

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别